Вопрос о христианском межцерковном единении принадлежит к самой сущности православия, в котором «эссенциально» присутствует потребность действительно объединить в себе христианские разделения. Без признания исторического существования Вселенской церкви не остаётся в этом мире ничего непоколебимого, ничего непогрешимого, «эссенциально превосходящего, вселенски обязательного и универсально-подчиняющего», а значит, нет и «авторитетного фундамента» в догматическом исповедании, и «идея общецерковной «унии» остаётся красивой фикцией или некрасивой ненормальностью». Главное условие действительного христианского единения он видел в истинно христианской жизни, поскольку «в христианстве нет протестантской, англиканской, католической или православной жизни». Но христианская жизнь должна от Христа проистекать и через Него приносить плоды. Люди должны стать достойными восприятия христианского мира, тогда конфессиональные различия исчезнут по воле Всевышнего. Глубоковский напоминал слова Августина Блаженного: «Бог спасает без нас, но не против нас». Ему принадлежит более 20 статей по вопросам межцерковного единения, опубликованных на английском, немецком, французском, сербском, болгарском, румынском, греческом, шведском и русском языках. Он был принципиальным сторонником единения христианских церквей, но опыт непосредственного общения на Западе привёл к скептическим оценкам человеческой составляющей этого процесса. 14 июня 1925 г. в Софии по инициативе Русской академической группы в Болгарии, членом которой Н.Н. Глубоковский состоял, отмечалось 35-летие его научной деятельности. Как отмечалось на страницах официального органа Архиерейского Синода РПЦЗ, это празднование «превратилось во всеславянское торжество, нашедшее отзвук во всех концах мира». Юбиляр получил более 200 приветствий от различных учреждений – русских и болгарских, светских и церковных, научных, общественных и даже военных, от иерархов и священнослужителей, от учёных с мировым именем и своих бывших учеников. Его деятельность рассматривалась как общенациональное культурное достояние, «как символ бывшей и будущей России». После отъезда из России Н.Н. Глубоковский опубликовал свыше 100 статей и заметок. Его научные труды издавались преимущественно в Болгарии, в «Ежегоднике Богословского факультета Софийского университета» и выходили отдельными изданиями. В эмиграции он завершил «Объяснительный библейский словарь», над составлением которого трудился с 1905 по 1933 г., в основу его была положена «Иллюстрированная популярная полная библейская энциклопедия» архимандрита Никифора (Бажанова), существенно переработанная и дополненная. Рукопись насчитывает около 2500 листов. В эмиграции Глубоковский не принадлежал ни к одной из юрисдикций Русской церкви, выступая на международных христианских встречах как официальный представитель Болгарской православной церкви. Тем не менее, он участвовал в работе церковно-педагогических и научных учреждений, создаваемых как Архиерейским Синодом РПЦЗ в Сремски-Карловци, так и отложившимися от него духовенством и мирянами, группировавшимися вокруг митрополита Евлогия (Георгиевского) в Париже.