Между прочим, святитель и здесь требовал созыва Собора против еретиков, потому что они, покаявшись и приняв в Новгороде епитимию, изменили клятве и, бежав в Москву, снова обратились к ереси. Он увещевал епископов: «Не плошите, станьте крепко, чтобы гнев на вас не пришёл, да не како человекоугодницы обрящемся и со Иудою Христа продающе: они (еретики) иконы щепляют, режут, Христу поругаются, а мы их воле сходим». Со своей стороны, Новгородский владыка предлагает наказывать еретиков, раскаявшихся притворно в своих заблуждениях, беспощадным образом. Проникнутые твёрдым убеждением послания архиепископа Геннадия произвели на епископов своё действие: они потребовали Собора, который под председательством митрополита Зосимы состоялся 17 октября 1490 г. Хотя Геннадий требовал осуждения всех вообще еретиков, но великий князь, вероятно, под влиянием митрополита и Курицына, приказал кончить дело только о новгородских еретиках, о которых раньше были розыски Геннадия. Впрочем, к ним были присоединены ещё два человека: священник Архангельского собора Дионисий и чернец Захарий. На Соборе он упорно запирались в своих ересях «и быша, по словам летописи, яко во исступлени ума». Не добившись их собственного признания, Собор осудил еретиков на основании розысков Геннадия и свидетельств против них некоторых жителей Москвы: еретики были отлучены от церкви и преданы проклятию, а потом гражданской казни, состоявшей в заточении для одних и в иных, более лёгких, наказаниях для других, менее виновных. Их возвратили в Новгород, а святитель распорядился встретить их за 40 вёрст от города, посадить верхом на лошадей, лицом к хвостам, одежду перевернуть задом наперёд. На головы еретиков он приказал одеть берестяные остроконечные шлемы с мочальными гребнями и с ободами, свитыми из соломы и сена. К шлемам были пришиты ярлыки с надписью: «Се есть сатанино воинство». В таком виде еретиков водили по городу, причём православные приглашались плевать на них со словами: «Се врази Божии и христианстии хульницы». В заключение шлемы были сожжены на головах еретиков. Из страха перед наказанием присланные в Новгород еретики начали каяться. Святитель, выполняя указ митрополита Зосимы, поверил их покаянию и дал им послабление. Пользуясь этим, еретики разбежались по городам и сёлам, распространяя своё учение. Некоторые бежали в Литву, к немцам, а другие даже остались в Новгороде, укрываясь и продолжая сеять ересь. Настал 1492 г., имевший особенное значение в истории ереси жидовствующих. В XV в. над умами русских тяготела грозная, унаследованная от греков, мысль о скорой кончине мира, которую ожидали по истечении седьмой тысячи лет от сотворения мира. Жидовствующие тоже разделяли это верование, но по принятому ими еврейскому летоисчислению было далеко до этого времени, а по греко-русскому летоисчислению семь тысяч лет оканчивались как раз в 1492 г. Поэтому и богослужебная Пасхалия, указывавшая месяцы и числа празднования Пасхи и зависящих от неё подвижных праздников, была доведена только до 1492 г. Когда же роковой год прошёл благополучно, жидовствующие начали глумиться над православными: «Семь тысяч лет окончились, и ваша Пасхалия прошла, отчего ж Христос не является, вопреки вашим ожиданиям? Значит, ложны писания ваших апостолов и ваших отцов, будто бы возвещавших славное пришествие Христово по истечении семи тысяч лет». Необходимо было продолжить исчисление Пасхалии на будущее время, чтобы внести успокоение во взволнованные умы. Для этого в начале восьмой тысячи лет, в сентябре 1492 г., в Москве собрался под председательством митрополита Зосимы Собор, на котором присутствовал и Геннадий. Собор постановил написать Пасхалию на восьмую тысячу лет. Первый осуществил постановление Собора митрополит Зосима: с небольшим через год с четвертью он расчислил Пасхалию на следующие 20 лет и послал для проверки к Пермскому епископу Филофею и святителю Геннадию, чтобы они также составили Пасхалию и прислали в Москву.