Геннадий составил Пасхалию на первые 70 лет восьмой тысячи. По проверке, произведённой в Москве, разницы между Пасхалиями не оказалось, и митрополит послал свою Пасхалию в Новгород к архиепископу с наказом разослать её по Новгородской епархии, как это было сделано уже в других. Исполняя волю митрополита, Геннадий к его Пасхалии присоединил свою вместе с окружной грамотой, которая содержала толкование на Пасхалию с архипастырскими наставлениями (здесь он изложил и правила, как составлять так называемую вечную Пасхалию). Борьба с ересью жидовствующих, побудив архиепископа Геннадия расчислить Пасхалию, заставила его предпринять и выполнить ещё другой, более важный труд. Святитель хорошо понимал, что одного внешнего преследования еретиков для искоренения ереси мало, что для этого нужно бороться с еретиками тем духовным оружием, к какому прибегали они, а жидовствующие, сея своё учение, доказывали мнимую истинность его ссылками на Священное Писание Ветхого Завета и притом на те именно книги, каких у православных под рукой не было, потому что не существовало полного списка Библии в славянском переводе. И Геннадий оказал великую услугу православной церкви, сделав это необходимое собрание в один состав всех книг Библии в славянском переводе. Полного списка Библии не было даже у самого архиепископа Новгородского в богатой Софийской библиотеке, так что он был вынужден отыскивать некоторые книги по русским монастырям, а для других книг, из-за отсутствия славянских списков, им было поручено составить новый перевод. Таким путём Геннадий составил полное собрание всех священных книг. Одни из книг собранной им славянской Библии помещены в древнейшем, быть может, даже в первоначальном Кирилло-Мефодиевском переводе, другие уже не носят в своём переводе признаков такой глубокой древности. Некоторые священные книги извлечены из толкований на них, содержавших и сам их текст. Новозаветные книги помещены не в древнем, а исправленном переводе, близком к современному печатному. Славянские переводы большинства книг Священного Писания, вошедших в состав Библии Геннадия, сделаны с греческого, но некоторые книги из-за отсутствия славянского текста пришлось переводить с латинской Библии – Вульгаты (а большая часть книги Есфирь помещена в славянском переводе с еврейского). Из латинской Библии были взяты предварительные сведения о священных книгах или предисловия к ним, распределение священных книг и деление их на главы. Это руководство архиепископа Геннадия латинской, а не греческой Библией ближе всего исследователи объясняют отсутствием у святителя списка греческой Библии и переводчиков с неё, тогда как латинская Библия, уже печатная, нашлась, нашлись и люди, знающие латинский язык. Великий труд собрания славянской Библии, производившийся под непосредственным руководством архиепископа Геннадия, был окончен в 1499 г., как об этом говорится на первом листе предисловия к Библии: «В лето 7007 написана бысть сия книга, глаголемая Библия, рекши обоих Заветов Ветхаго и Новаго, при благоверном великом князе Иоанне Васильевиче, всея Руси самодержце, и при митрополите всея Руси Симоне, и при архиепископе Новгородском Геннадии в Великом Новгороде, во дворе архиепископле, повелением архиепископля архидиакона инока Герасима».