В следующем году сами псковичи пригласили святителя в Псков и устроили ему торжественную встречу: князь Ярослав, посадники, бояре, священноиноки, священники и диаконы с крестным ходом встретили у городских ворот архиепископа, который в тот же день совершил литургию в соборном храме во имя Пресвятой Троицы, а потом благословлял народ на вече. Затем владыка ещё раз был на вече, где вместе с благословением преподал народу «многа словеса учительныя», а после этого, прожив в Пскове три недели, мирно отбыл со своими боярами. Но эти мирные отношения изменились на вражду со стороны псковичей при первом проявлением архиепископом своей власти в своевольной области. В том же году архиепископ Геннадий послал в Псков со своим боярином игумена Евфимия, поручив им описать церкви и монастыри всей Псковской волости и «положить в число» всё псковское духовенство, после чего Евфимий остался в Пскове наместником архиепископа, но псковичи не признавали над собой власти Евфимия. Чем дальше, тем больше псковичи обнаруживали своё своеволие в сношениях с Новгородским архиепископом. В 1500 г. святитель прислал священника для осмотра антиминсов в псковских церквях, и хотя такое действие со стороны Новгородского владыки было вполне законным, однако псковский князь, посадники и весь Псков только после продолжительных совещаний допустили священника в церковь. Ещё хуже обошлись псковичи с самим владыкой в его новый приезд в Псков, куда он прибыл, чтобы, по обычаю своих предшественников, принести пастырские молитвы за свою паству и заняться разбором судебных дел. Псковичи запретили духовенству соборной церкви служить с владыкой, а просфорницам не велели печь для него просфор. При этом они объяснили своё отношение к Геннадию тем, что видели в нём сторонника московского великого князя Василия: «Ты хочешь молить Бога за великого князя Василия». Это происходило лет за десять до подчинения Пскова власти великого московского князя. Свою жизнь святитель Геннадий окончил под сенью любимой им Чудовской обители. Но причиной этого было его невольное удаление с Новгородской кафедры вскоре после Собора 1503 г., на котором присутствовал и он. Этот Собор был собран для устранения нестроений церковной жизни: безнравственной жизни вдовых священнослужителей, бесчиния в монастырях и взимания епископами мзды за поставление. Первый вопрос отцами Собора был решён в смысле запрещения священнослужения вдовым священникам и диаконам, если они не постриглись. О монастырях было постановлено, чтобы монахи и монахини, как это было обычно для того времени, не жили вместе в одних монастырях. Поборы при поставлении на церковно-иерархические степени, издавна укоренившиеся в Русской церкви и перешедшие к нам из Греции, Собором были безусловно запрещены под страхом извержения из сана как епископа, так и поставленного им. Как ни печально, но исследователи признаются, что первым нарушителем послед¬него соборного определения был Новгородский архиепископ. Поддавшись влиянию любимого им дьяка, он, вопреки своему обещанию на Соборе, стал брать мзду за поставление ещё больше прежнего. Когда это стало известно великому князю Иоанну Васильевичу, он велел произвести дознание, после которого в июне 1504 г. архиепископ Геннадий был низведён с кафедры и поселился в Чудовом монастыре. Через два с половиной года он мирно скончался и «погребён бысть в том же монастыре... в самом том месте, идеже бе лежало в земли освящённое тело великаго святителя и чудотворца Алексия прежде обретения его, у самыя стены великия церкви». Мощи святителя Геннадия почивали под спудом в Чудовом монастыре. Он на¬зывается «святым» в «Книге глаголемой: Описание о Российских святых» (XVIII в.).