В феврале 1988 г. по его инициативе началось возрождение Губаницкого прихода. 14 мая 1989 г. представители пяти приходов Ингерманландии подписали в Губаницах декларацию о воссоздании Финской евангелическо-лютеранской церкви Ингрии, «полностью самостоятельной во внутренней жизни», хотя и «признающей авторитет» Эстонского архиепископа Паюла, и образовали Правление во главе с А. Куортти и А. Сурво. 19 июля 1989 г. был зарегистрирован Колтушский приход, 22 февраля 1990 г. получили регистрацию приходы в Нарвуси (Кузёмкино), в Токсове и в Скворицах, в августе – Гатчинский приход. В 1990 г. Эстонская церковь выделила эти приходы в Ингерманландское пробство, которое возглавил пастор Лейно Хассинен, приглашённый из Финляндии. 19 мая 1991 г. в Губаницах архиепископ Паюла рукоположил ещё четырёх пасторов. 5 ноября того же года был зарегистрирован приход в Саранске – первый миссионерский приход в российской провинции. Поскольку в августе 1991 г. была провозглашена независимость Эстонии, 1 января 1992 г. с согласия Евангелическо-лютеранской церкви Эстонии Ингерманландское пробство было преобразовано в независимую Евангелическо-лютеранскую церковь Ингрии, зарегистрированную властями РФ 14 сентября 1992 г. На первом синоде (19–20 марта 1993 г.) был избран глава церкви Хассинен, который 23 мая того же года был ординирован как епископ в Колтушах. 21 октября 1995 г. новым епископом был избран, а 20 января 1996 г. ординирован Кугаппи, впервые церковь возглавил уроженец и гражданин России. В последующие годы численность Евангелическо-лютеранской церкви Ингрии росла: её приходы были созданы в Москве (1992 г.), Йошкар-Оле, Олонце (1993 г.), Приморске (Койвисто; 1994 г.), Твери, Мурманске, Сыктывкаре, Питкяранте (1997 г.), образуются приходы и в других городах, в том числе в сибирских. В сентябре 1995 г. в Колтушах был открыт Учебно-диаконический центр имени Селима Ялмара Лаурикалла (позже преобразованный в Теологический институт Евангелическо-лютеранской церкви Ингрии), обеспечивающий церковным работникам подготовку на уровне бакалавров. По состоянию на 1 января 2007 г. Евангелическо-лютеранская церковь Ингрии имела одну епархию. 77 приходов и религиозных групп (все в пределах РФ) объединены в семь пробств (Западноингерманландское, Карельское, Московское, Приволжское, Санкт-Петербургское, Уральское и Сибирское). Статистику национального состава Евангелическо-лютеранская церковь Ингрии не ведёт по принципиальным соображениям. Официальные языки – русский и финский, литургии совершаются также на английском, эстонском латышском и др.