Захарий Сигнеус, епископ Борго (ныне Порвоо), был поставлен во главе этого учреждения. Он не владел немецким языком, к этому времени в результате присоединения к России прибалтийских провинций (Лифляндии, Курляндии, Эстляндии) и иммиграции немцев в Поволжье при Екатерине II большинство лютеран в России стали германоязычными. Поэтому, начав работу над новым уставом, он, чтобы ослабить недовольство верующих, старался учитывать прибалтийско-немецкие традиции. Уже после смерти Сигнеуса 28 декабря 1832 г. император Николай I утвердил Устав Российской евангелическо-лютеранской церкви (действовавший до 1917 г.). Все лютеранские приходы распределялись между восемью округами, подчинёнными консисториям. Ингерманландия вошла в округ Санкт-Петербургской консистории, её сельские приходы были объединены в три пробства: Северное, Восточное и Западное (городскими приходами управляли Консистории). Церковью в целом руководила Национальная консистория, возглавлявшаяся президентом (лицом светским) и вице-президентом (пастором), в неё входили восемь генеральных суперинтендантов (иногда некоторые из них именовались епископами, но это был не сан, а должность) и четыре заседателя: два пастора и два светских лица. В подавляющем большинстве это были немцы. Однако благодаря давлению лютеран Финляндии с 1836 г. финские приходы получили право служить литургию по-фински. В 1879–1888 гг. президентом консистории был финн Теодор Бруун, благодаря его стараниям с 1886 г. один из двух пасторов-заседателей избирался от финских приходов. 4 сентября 1863 г. в Малом Колпано (ныне Малые Колпаны Гатчинского района) была открыта семинария для подготовки учителей воскресных школ в финских приходах. Лютеранских высших учебных заведений в Ингерманландии не было, пасторы обучались, как правило, в Гельсингфорсском (ныне Хельсинкском) или Дерптском (ныне Тартуском) университете. С 1871 г. ингерманландские проповедники приступили к изданию духовной литературы (раньше её привозили из Финляндии), и тогда же начал служение в Африке (в пределах современной Намибии) самый известный ингерманландский миссионер Мартти Раутанен (1845–1926 гг.), обративший в христианство около 16 тыс. человек. В XIX в. было открыто несколько новых приходов, но из старых выделялись капелльные, и поэтому численность их росла; на месте деревянных церквей возводились каменные (св. Марии в Санкт-Петербурге в 1803–1805 гг., св. Николая в Гатчине в 1828 г., св. Иоанна в Мартышкине (Тюрё, ныне микрорайон города Ломоносова) в 1831 г., в Токсове в 1887 г.). Это новое строительство нередко финансировалось членами императорской фамилии. В знак признательности церкви назывались именами их св. покровителей (в лютеранстве допустимо, но встречается редко). После указа императора Николая II от 17 апреля 1905 г., когда были сняты ограничения на лютеранское миссионерство, и отменена уголовная ответственность за отпадение от православия, лютеранство в русскоязычной среде по-прежнему не имело успеха. Начало Первой мировой войны привело к росту германофобских заявлений, которые нередко затрагивали и лютеран; запрет публичного употребления немецкого языка привёл к изданию первого сборника лютеранских гимнов на русском языке (1915 г.).