26–28 марта 1942 г. было вывезено 88 764 финна и 6699 немцев на поселение в Сибирь. В 1941–1944 гг. на оккупированной гитлеровцами территории начался процесс восстановления лютеранских приходов, однако немецкие власти сначала поощряли добровольный переезд ингерманландцев через Эстонию в Финляндию (март-октябрь 1943 г.), затем осуществили их принудительную депортацию (на июнь 1944 г. около 63 200 человек). 19 сентября 1944 г. между СССР и Финляндией было заключено перемирие, десятая статья которого предусматривала возвращение ингерманландцев в СССР. Вернулись около 55 тыс., однако селиться в Ленинграде и в области им было запрещено. В октябре 1948 г. им разрешили обосноваться в Карелии, главным образом, в Петрозаводске и Чалне. После смерти Иосифа Виссарионовича Джугашвили (Сталина) началось возвращение ингерманландцев из Сибири, и два пастора (Пааво Хайми и Юхани Вассели) полулегально крестили детей и совершали литургии на дому. Хотя ограничения на поселение ингерманландцев в Ленинграде и в области были формально отменены постановлением МВД СССР от 13 августа 1954 г., фактически возвращение было сопряжено с труднопреодолимыми препятствиями. Чаще всего из мест спецпоселения ингерманландцев отправляли в Карелию и в прибалтийские республики. Репрессии привели к массовой гибели ингерманландцев, разрушили традиционный сельский уклад и нанесли невосполнимый ущерб культуре этого народа. В пределах Ингерманландии продолжали действовать молитвенные группы, собиравшиеся на кладбищах и в частных квартирах. Поскольку лютеранских приходов было немного, таинство крещения многие ингерманландцы принимали в православных храмах, однако православными себя не считали. По лютеранским представлениям, человека делает христианином таинство крещения, правильно совершённое (обычно в младенчестве) в любом христианском храме, а лютеранином – обряд лютеранской конфирмации в сознательном возрасте. До сих пор значительную часть прихожан Евангелическо-лютеранской церкви Ингрии составляют крещённые в РПЦ. С 1961 г. финскую литургию начали служить в Нарве, и ингерманландцы прилегающей территории Ленинградской области могли её посещать. Пастор Нарвского прихода Эльмар периодически служил в Петрозаводске, и после долгих проволочек власти зарегистрировали Петрозаводский приход в каноническом подчинении Эстонской церкви: первая легальная литургия была отслужена 2 февраля 1970 г. В августе 1975 г. представители СССР подписали Заключительный документ Хельсинкского совещания, и правовые нормы, касавшиеся свободы совести, стали для СССР международно-правовыми и не поддающимися такому произвольному толкованию, как прежде. 11 декабря 1977 г. была освящена лютеранская церковь в городе Пушкин, хотя до революции она была немецкой, теперь ингерманландцы впервые после войны получили ограниченную возможность воссоздать приход в пределах собственно Ингерманландии. Молодёжную группу при этом приходе посещали Арво Сурво и Арри Кугаппи, ставшие впоследствии инициаторами воссоздания Евангелическо-лютеранской церкви Ингрии. Арво Сурво был направлен на обучение в Таллинн, и в декабре 1987 г. архиепископ Эстонии Куно Паюла рукоположил его в пастора.