Священный Синод отметил, что оценка достоверности научных и следственных заключений, равно как свидетельство об их незыблемости или неопровержимости, не входит в компетенцию церкви. Научная и историческая ответственность за принятые в ходе следствия и изучения выводы относительно обнаруженных под Екатеринбургом останков полностью ложится на Республиканский центр судебно-медицинской экспертизы Минздрава РФ и Генеральную прокуратуру РФ. Решение Государственной комиссии об идентификации останков как принадлежащих семье императора Николая II вызвало серьёзные сомнения в церкви и обществе. Вместе с тем имелись основания считать найденные под Екатеринбургом останки принадлежащими жертвам богоборческой власти. Также отмечалось, что затянувшаяся процедура криминалистической экспертизы привела к тому, что останки остаются без христианского погребения в течение недопустимо долгого времени. Священный Синод высказался за безотлагательное погребение останков в символической могиле-памятнике и за возвращение к окончательному решению вопроса об их захоронении только после разрешения всех сомнений относительно их принадлежности царской семье. Несмотря на такую позицию, выраженную Священным Синодом, 27 февраля Правительство РФ согласилось с решением Государственной комиссии о торжественном захоронении Екатеринбургских останков в Петропавловском соборе в Санкт-Петербурге, рядом с усыпальницами императорского рода Романовых. 9 июня 1998 г. Священный Синод постановил в ознаменование 80-летия кончины императора Николая II, членов его семьи и их верных слуг совершить в храмах панихиду с возношением имён императора Николая II, его супруги, их чад, верных слуг и всех в годину лютых гонений за веру Христову умученных и убиенных. По поводу предстоящего захоронения Екатеринбургских останков была подтверждена позиция церкви, выраженная в определении Священного Синода от 26 февраля. В силу этого участие в захоронении Екатеринбургских останков предстоятеля РПЦ или любого иного иерарха было сочтено невозможным. Имея в виду просьбы о сопровождении захоронения Екатеринбургских останков подобающими церковными действиями, в совершении которых церковь никогда и никому не отказывает, Священный Синод благословил митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира (Котлярова) направить клириков из числа подведомственного ему духовенства для совершения панихиды. 14 июля 1998 г. патриарх Алексий II выступил с телеобращением, в котором выразил глубокое сожаление, что скорбная годовщина убиения царской семьи омрачена ожесточёнными спорами о найденных под Екатеринбургом останках. Любые научные доводы не могут поставить точку в деле о Екатеринбургских останков до тех пор, пока существуют не менее весомые научные возражения. Церковь, как пояснил патриарх, предложила приемлемый для всех, разумный и мирный выход из создавшегося положения. Однако после решения Правительства РФ захоронить Екатеринбургские останки как царские священноначалие РПЦ, имеющее своим долгом заботу о единстве церкви и содействие гражданскому миру и согласию, приняло решение воздержаться от поддержки той или иной точки зрения, а следовательно, и от участия в церемонии захоронения Екатеринбургских останков, которое могли бы расценить как признание их принадлежности царской семье.