Патриарх напомнил, что, если при предстоящем рассмотрении вопроса о возможной канонизации царской семьи император и его близкие будут причислены к лику страстотерпцев, и их останки будут почитаться как святые мощи, недопустимо, чтобы в церкви отсутствовало согласие относительно их подлинности. Канонизация, подчеркнул патриарх, может совершаться и в отсутствие останков святого. В завершение обращения патриарх призвал верующих в этот скорбный и памятный день помолиться об упокоении царской семьи и всех убиенных и пострадавших в годы богоборчества и не уступать давлению суетного разномыслия, чуждого церковному и народному благу. Церемония захоронения Екатеринбургских останков состоялась 17 июля 1998 г. в Санкт-Петербурге в Петропавловском соборе по ритуалу, близкому к ритуалу императорских похорон. В церемонии принял участие президент России Борис Николаевич Ельцин, объявивший о своём решении только накануне, во время телеобращения. На погребении Екатеринбургских останков присутствовала только часть представителей Дома Романовых; великая княгиня Леонида Георгиевна, её дочь великая княгиня Мария Владимировна и великий князь цесаревич Георгий приняли участие в панихиде в Троице-Сергиевом соборе Троице-Сергиевой лавре, которую отслужил патриарх Алексий II. Захоронение Екатеринбургских останков не внесло в общество успокоения, подлинность останков по-прежнему подвергается сомнению. Отсутствует единое мнение относительно идентификации Екатеринбургских останков и среди экспертов. Так, профессор Тацуо Нагаи (Япония) по результатам проведённых им генетических экспертиз сделал ряд заявлений о несовпадении сохранившихся в Японии образцов крови императора Николая II и биологических образцов других представителей Дома Романовых с образцами из Екатеринбургских останков (1999, 2001, 2004 гг.). Сомнение в обоснованности выводов прежних генетических исследований также выразила международная группа учёных, проводивших комплексную генетическую экспертизу на базе генетической лаборатории Станфордского университета (штат Калифорния, США) и Национальной лаборатории ДНК Армии США в Лос-Аламосе (декабрь 2003 г.). 29 июля 2007 г. в результате поисковых мероприятий, проводившихся под Екатеринбургом представителями общественных организаций Свердловской области, были обнаружены останки, отождествлённые организаторами раскопок с останками детей императора Николая II великого князя Алексея и великой княжны Марии. 21 августа Генеральная прокуратура РФ возобновила следственное дело о гибели царской семьи, начато проведение комплекса судебно-медицинских исследований по идентификации обнаруженных останков. Со стороны представителей РПЦ было высказано мнение, что новые находки под Екатеринбургом пока не дают никаких оснований для пересмотра позиции церкви в отношении Екатеринбургских останков.