Итогом проведённых судебно-медицинских экспертиз стал вывод о принадлежности Екатеринбургских останков царской семье и её слугам (останки великого князя Алексия и великой княжны Марии были признаны необнаруженными). Проблема идентификации Екатеринбургских останков вызывала неоднозначную общественную реакцию как в России, так и в русской диаспоре за рубежом. Критике, подчас резкой, подвергалась работа Государственной комиссии и экспертных групп. Дискуссия в СМИ о «подлинности» Екатеринбургских останков вносила смущение в среду верующих. Проблема Екатеринбургских останков приобретала особую остроту в связи с уже происшедшей к тому времени канонизацией императора Николая II и членов его семьи РПЦЗ (1981 г.) и обсуждением вопроса о причислении царственных мучеников к лику святых в России. Для православных верующих важно было иметь убедительные доказательства подлинной принадлежности Екатеринбургских останков царской семье, которые исключали бы опасность почитания лжемощей. 15 сентября 1995 г. Генеральная прокуратура РФ приняла решение о закрытии уголовного дела, связанного с убийством царской семьи, что влекло за собой и прекращение работы Государственной комиссии. 6 октября 1995 г. на заседании Священного Синода РПЦ по докладу митрополита Ювеналия было высказано единодушное мнение о необходимости продолжить работу комиссии по изучению оставшихся нерешёнными вопросов. Священный Синод высказался за продолжение исследований и за целесообразность образования международной экспертной комиссии с включением в её состав независимых специалистов в области судебной медицины, антропологии и криминалистики, а также за сотрудничество Государственной комиссии при Правительстве РФ с созданной российской диаспорой за рубежом экспертной комиссией во главе с Петром Николаевичем Колтыпиным-Валовским. Было сформулировано десять вопросов, требующих дополнительных исследований. 15 ноября 1995 г. эти вопросы были представлены на заседании Государственной комиссии и уже от имени комиссии перечислены в письме Ю.Ф. Ярова Генеральному прокурору РФ Юрию Ильичу Скуратову с просьбой изыскать возможности для окончания экспертных исследований и решения поставленных комиссией вопросов в рамках уголовного дела. Ю.И. Скуратов признал преждевременность решения о прекращении уголовного дела, поскольку не был проведён ряд экспертиз. Заседания Государственной комиссии не проводились с 21 февраля 1996 г. по 3 ноября 1997 г., несколько раз менялись председатели комиссии: Владимир Георгиевич Кинелёв (февраль-ноябрь 1996), Виталий Никитич Игнатенко (ноябрь 1996 г. – май 1997 г.), Борис Ефимович Немцов (с 30 мая 1997 г.). 17 июля 1997 г. Священный Синод повторно постановил считать, что представленное церковью в 1995 г. мнение о проведении дополнительных исследований по идентификации Екатеринбургских останков имеет решающее значение для продолжения работы Государственной комиссии. С приближением в 1998 г. 80-летия мученической кончины царской семьи проблема Екатеринбургских останков приобретала всё большую актуальность.