7 ноября 1997 г. было принято постановление Правительства РФ о проведении дополнительной идентификационной экспертизы, предполагающей максимально полное описание останков в соответствии с современными возможностями медицинской криминалистики и антропологии. Были проведены новые экспертизы, включая генетическую, в Республиканском центре судебно-медицинской экспертизы Минздрава РФ. 23 января 1998 г. Генеральная прокуратура РФ представила справку о вопросах, связанных с исследованием гибели царской семьи, в которой обосновывался факт принадлежности останков, обнаруженных 11–13 июля 1991 г. в окрестностях Екатеринбурга, членам семьи императора Николая II и лицам из их окружения. В справке содержались ответы на ранее предложенные десять вопросов. Однако ответы во многом носили условный характер. Так, в частности, говорилось об отсутствии генетического стоматологического исследования из-за недостатка материала; признавалось, что установить место захоронения останков великого князя Алексея и великой княжны Марии не представлялось возможным, хотя полное их уничтожение сотрудниками Я.М. Юровского не подтверждалось. Возражения оппонентов версии прокуратуры отклонялись под предлогом недостаточности их доказательной базы. Следствие отрицало ритуальный характер убийства и определяло его исключительно как политическое. 30 января 1998 г., рассмотрев материалы, представленные Генеральной прокуратурой РФ и Республиканским центром судебно-медицинской экспертизы Минздрава РФ, Государственная комиссия под председательством Б.Е. Немцова посчитала, что на десять ранее поставленных вопросов получены удовлетворительные ответы, подтверждающие заключение прокуратуры. Комиссия приняла решение о завершении работы по идентификации останков и признала Екатеринбургские останки принадлежащими членам царской семьи: императору Николаю II, императрице Александре Фёдоровне, их дочерям Ольге, Татьяне и Анастасии – и сопровождавшим царскую семью лицам. Большинством голосов комиссия приняла решение о захоронении останков как останков членов царской семьи и сопровождавших их лиц 17 июля 1998 г. (в день 80-летия расстрела) в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. Митрополит Ювеналий на заседании комиссии выступил с заявлением, что заключения Генеральной прокуратуры и Республиканского центра судебно-медицинской экспертизы нельзя принять с абсолютной достоверностью, в связи с чем он не может отнестись с доверием к изложенной в них позиции Генеральной прокуратуры и судмедэкспертов. С особыми мнениями также выступили члены комиссии С.А. Беляев и В.В. Алексеев, заявившие об отсутствии в заключении Генеральной прокуратуры удовлетворительных ответов на ранее поставленные комиссией вопросы. 26 февраля Священный Синод заслушал доклад митрополита Ювеналия о завершающем этапе работы Государственной комиссии и принял к сведению информацию о решениях комиссии.