Несколько арестованных иереев проходили впоследствии по делу Евгения. Прихожане продолжали оказывать Евгению поддержку. По улицам города ежедневно ездила повозка с надписью: «В тюрьму для епископа хлеб». Продуктов набиралось столько, что их хватало и для других арестантов. На допросе Евгений отказался признать себя виновным в предъявленных ему обвинениях, в том числе отрицал «участие в укреплении власти правительства Колчака» во время гражданской войны; взаимодействие с Высшим временным церковным управлением Сибири, по словам Евгения, не имело характера «контрреволюционной деятельности», а являлось «исполнением предписаний, касающихся жизни церковной». Следствие пришло к выводу о недостаточности и неубедительности собранных против Евгения обвинительных материалов, однако освобождение архиерея было признано «совершенно недопустимым для охранения власти и революционного порядка». В октябре 1923 г. Евгений был этапирован в читинскую тюрьму, его дело рассматривалось в Постоянном представительстве ГПУ на Дальнем Востоке, с декабря – в ОГПУ (Москва). 30 ноября 1923 г., по некоторым данным, возведён в сан архиепископа. 22 февраля 1924 г. приговорён Комиссией по административным высылкам НКВД к три годам заключения за «проведение под видом церковных дел мероприятий контрреволюционного характера, контрреволюционную агитацию и распространение религиозной литературы контрреволюционного характера». Отбывал срок в Соловецком лагере. Запомнился соузникам как строгий постник, который, невзирая на тяжёлые условия лагерной жизни, никогда не вкушал ни мяса, ни рыбы в постные дни. Был избран старшим соловецким архиереем. Принял активное участие в составлении «Памятной записки соловецких епископов» 1926 г. 3 декабря 1926 г. приговором особого совещания при Коллегии ОГПУ местом дальнейшего пребывания Евгения была определена Коми (Зырян) Автономная область, где он отбывал ссылку с мая 1927 г. в Усть-Куломском уезде. Находясь в ссылке, по некоторым данным, с неодобрением встретил «Декларацию» 1927 г. Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) и даже написал ему по этому поводу письмо, впрочем, не дошедшее до митрополита Сергия. Одновременно Евгений решительно осудил противников митрополита Сергия, разорвавших с ним каноническое общение.