Участвовал в поместном Соборе РПЦ 1917–1918 гг. В феврале 1918 г. был уже в Благовещенске, сообщал в письме патриарху Тихону (Белавину) о том, что приход к власти в городе большевиков сопровождался захватом и разграблением красногвардейцами Благовещенской духовной семинарии и семинарской церкви, где были сорваны и разбиты иконы, арестами преподавателей семинарии. В связи с тем, что здания духовного училища и семинарии были заняты красноармейскими отрядами, Евгений организовал учёбу оставшихся в Благовещенске учеников в помещениях женского епархиального училища. В 1919 г. перешёл в церковное подчинение организованному в Омске Высшему временному церковному управлению Сибири, признав за ним часть канонических прав в условиях прекращения связи с Московской патриархией. В ноябре 1919 г. отдал распоряжение о сборе в церквах пожертвований в пользу жителей казачьих станиц, лишившихся имущества из-за нападений красных партизан. Также по распоряжению Евгения в епархии были собраны сведения о священнослужителях, погибших в 1919 г. за веру от рук партизан, и в феврале 1920 г. составлен синодик с именами убиенных (десять иереев и чтец); перечисленных в нём мучеников указывалось поминать за богослужениями (на общих панихидах, на проскомидиях, на заупокойных ектениях и на литургии). В период существования формально независимой Дальневосточной республики (ДВР, 1920–1922 гг.) Евгений продолжал деятельное устроение церковной жизни в епархии. В марте 1921 г. в Благовещенске было учреждено Иннокентиевское общество трезвости при Благовещенском соборе. Летом 1922 г. были приняты меры по возрождению церковной жизни в низовьях Амура, находившихся под контролем японских войск, по организации там миссионерской и противосектантской работы, по достройке храма в Николаевске. Евгений состоял в переписке с управляющим Забайкальской епархией Селенгинским епископом Софронием (Старковым) и обсуждал с ним организацию на территории ДВР особого церковного органа, возглавляемого Евгением, а также создание при каждой из дальневосточных епархий по одному «полусамостоятельному» викариатстству. Евгений поддерживал среди клира и прихожан верность патриарху Тихону, находившемуся тогда под следствием. 25 августа 1922 г. по его распоряжению в храмах Благовещенска были совершены праздничные всенощные бдения, а 26 августа – в день тезоименитства Тихона – литургии и молебны о здравии и спасении патриарха. С упразднением в конце 1922 г. ДВР и окончательным установлением на Дальнем Востоке советской власти положение церкви резко ухудшилось. При поддержке властей активизировалось обновленчество. В марте 1923 г. обновленческим Высшим церковным управлением был уволен на покой не признавший ВЦУ управляющий Владивостокской епархией Никольский епископ Павел (Введенский), выслан из Владивостока 7 мая, епархиальный совет перешёл под контроль обновленцев. По просьбе владивостокского клира Евгений взял на себя временное управление Владивостокской епархией; канонический епархиальный совет по благословению Евгения был воссоздан 18 июля в городе Никольске (ныне Уссурийск). Особое недовольство властей вызывали продолжавшиеся в храмах моления за патриарха Тихона и поминовение его имени за богослужениями.