В ответ на требования начальника Амурского губотдела ГПУ о прекращении поминовения патриарха как привлечённого к гражданскому суду и находящегося под стражей 11 мая 1923 г. пастырское совещание градо-благовещенских церквей выразило Евгению пожелание моления о патриархе Тихоне «во избежание каких-либо провокационных обвинений... временно прекратить». На совещании также было принято решение считать обновленческий «второй поместный собор» неканоничным, и его постановления необязательными. 9 июля 1923 г. в связи с освобождением патриарха из-под ареста и его вступлением вновь в управление церковью Евгений издал распоряжение об обязательном поминовении во время богослужения имени патриарха Тихона. В августе 1923 г., после прибытия в Благовещенск обновленческого «епископа» Даниила Громовенко, в городской газете появилась заметка об увольнении Евгения на покой решением обновленческого Высшего церковного управления. В ответ Евгений составил письмо епархиальному совету, в котором заявил, что «распоряжения ВЦУ для меня никакого канонического значения не имеют, ибо я к “Живой Церкви” не принадлежу и ВЦУ, как самочинную организацию, пытающуюся захватить в свои руки церковную власть, не признаю... Святейший Патриарх Тихон с момента освобождения Советской Властью является единственным каноническим законным управителем Церкви Российской, власти которого я по долгу пастырскому подчиняюсь и призываю к этому подчинению вверенную моему духовному водительству Благовещенскую паству и пастырей». 13 августа Евгений был вызван на допрос в Амурский губотдел ГПУ, где сообщил, что возглашение за богослужением имени предстоятеля церкви происходит согласно церковным канонам и не представляет «какие-либо политические тенденции». В тот же день губотделом ГПУ было начато следствие по факту «использования религиозных предрассудков и малокультурности части населения в целях оказания хотя бы пассивного сопротивления распоряжениям власти путём публичного моления о бывшем патриархе». Одновременно Евгений был привлечён к суду за якобы нарушение им трудовых прав служащих архиерейской дачи. В ночь с 29 на 30 августа, сразу после всенощной службы в Благовещенском кафедральном соборе, Евгений был арестован. Арест архиерея вызвал выступления прихожан. 30 августа они собрались около здания ОГПУ, 2 сентября – у здания губернского суда, требуя встречи с губернским прокурором. Людей разогнали, поливая водой из пожарной машины, в городе были проведены новые аресты.