Тогда Епифаний Кипрский, видя тщетность своих усилий, принял решение вернуться и, понося Иоанна Златоуста, сел на корабль, отправлявшийся на Кипр. Хотя Сократ Схоластик и Созомен пытались переложить груз ответственности за осуждение Иоанна Златоуста Собором в пригороде Халкидона Дуб, происшедшее в том же 403 г., на епископа Феофила Александрийского, который будто бы использовал ревность Епифания Кипрского о чистоте веры для достижения корыстных целей, так или иначе недальновидными действиями против Иоанна Златоуста Епифаний Кипрский способствовал его осуждению Собором, в актах которого содержатся прямые обвинения Иоанна Златоуста в том, что он «называл святого Епифания болтуном и бесноватым» и что «он не был принят святейшим Епифанием ни в молитвенное, ни в домашнее общение». В начале мая 403 г. во время плавания Епифаний Кипрский внезапно заболел и 12 мая скончался на борту корабля. Это – традиционная дата, которой придерживается большинство исследователей. П. Нотен, основываясь на альтернативной хронологии, предлагает другую дату – первые числа мая 402 г. После прибытия на Кипр тело Епифания Кипрского с корабля было перенесено в церковь, которую он раньше построил в Констанции, и погребено в северном приделе. Вскоре распространилась слава о нём как о святом и чудотворце, сотворившем множество чудес и при жизни, и после смерти. Церковь, в которой Епифаний Кипрский был погребён, впоследствии стала носить его имя, под этим именем она упоминается в Деяниях седьмого Вселенского собора. Множество других мест и церквей на Кипре также стали называться именем Епифания Кипрского. При византийском императоре Льве VI Мудром (886–912 гг.) мощи Епифания Кипрского были перенесены в Константинополь, и его почитание широко распространилось в православной церкви. В 2008 г. (8–11 мая) на Кипре прошла первая международная конференция, посвящённая Епифанию Кипрскому, «Святой Епифаний, епископ Констанции, отец и учитель Православной Вселенской Церкви». Существуют различные оценки богословско-литературной деятельности Епифания Кипрского. Так, по свидетельству Иеронима, его неизменного почитателя, написанные им «книги против всех ересей и многие другие внимательно читают учёные люди ради их содержания, а простые – ради их языка». Более беспристрастный и строгий критик Константинопольский патриарх Фотий даёт совершенно иную оценку литературным способностям Епифания Кипрского: «Стиль (его сочинений) вульгарный, как и подобает тому, кто не обучен аттическому образованию». По мнению современных критиков, язык Епифания Кипрского содержит больше вульгаризмов, чем язык большинства его современников. Епифаний Кипрский был врагом классического образования; он считал эллинскую философию ересью и подозрительно относился к любым научным занятиям. Этим он резко отличался от многих современников, таких как великие каппадокийцы или Августин Блаженный. Согласно К. Холлю, язык сочинений Епифания Кипрского – интересный пример «высокого койне», который был доступен и для необразованных читателей. В связи с этим были даже попытки переписать его главные сочинения на аттическом наречии.