Между тем епископ Феофил, поняв, что дело может дойти до разбирательства в Константинополе, решил опередить противников. Он направил епископам Палестины и Кипра послание, составленное Нитрийским собором 400 г., чтобы заручиться поддержкой как можно большего числа восточных епископов в борьбе с оригенистами. В сопроводительном письме к Епифанию Кипрскому епископ Феофил призвал его созвать Собор кипрских епископов для осуждения Оригена, а также как можно скорее с верными людьми отправить соответствующее соборное послание в Константинополь, Исаврию и Памфилию, чтобы подготовить почву для осуждения лидеров оригенистов, направлявшихся в Константинополь. Получив письмо епископа Феофила, Епифаний Кипрский очень обрадовался и поспешил написать Иерониму, попросив его перевести это послание на латынь, чтобы отправить его в Рим. Когда в конце 400 г. или в сентябре 401 г. на празднике обновления храма в Палестине состоялся Собор палестинских епископов, в то же самое время Епифаний Кипрский созвал Собор кипрских епископов, осудивших Оригена (он пожелал лично отвезти соборное постановление в Константинополь). Дождавшись благоприятного для плавания времени, весной 402 г. (другие даты: зима 402 г. или весна 403 г.) Епифаний Кипрский отправился в Константинополь для того, чтобы сместить Иоанна Златоуста с Константинопольской кафедры и лишить оригенистов его покровительства. Сойдя с корабля, он вошёл в один из храмов, находившийся недалеко от порта, в 7 км от Константинополя; там он отслужил литургию и без ведома Константинопольского епископа совершил рукоположение во диакона. После прибытия в город Епифаний Кипрский отказался принять приглашение Иоанна Златоуста остановиться у него в резиденции, т.к., по его словам, не пожелал находиться под одной крышей с еретиком. Исследователи полагают, что он был не только недоволен тем, что Иоанн Златоуст принял под свою защиту оригенистов и требовал от епископа Феофила Александрийского вновь принять их в церковное общение; раньше в Антиохии Иоанн был пресвитером при епископе Флавиане, который вторым Вселенским собором был избран преемником Мелетия вместо епископа Павлина, с чем не был согласен Епифаний Кипрский. Во время пребывания в Константинополе Епифанию Кипрскому удалось собрать несколько подписей находившихся там епископов из других областей под осуждением сочинений Оригена. Исследователи предполагают, что Епифаний Кипрский встретился с императрицей Евдоксией – непримиримым врагом Иоанна Златоуста, и с одним из «Длинных братьев» – Аммонием. Епифаний Кипрский не только отказался принимать участие в богослужениях, совершавшихся Константинопольским епископом, пока тот не осудит сочинений Оригена и не изгонит египетских оригенистов, но, напротив, принял предложение врагов Иоанна Златоуста, собравшихся в церкви св. Апостолов, произнести проповедь, в которой осудил сочинения Оригена, «Длинных братьев» и насмехался над Иоанном Златоустом. На другой день, когда Епифаний Кипрский вновь пришёл в ту же церковь, архидиакон Серапион, присланный Иоанном Златоустом, обвинил его в многочисленных нарушениях церковной дисциплины, которые он совершил, начиная с прибытия в столицу, и потребовал, чтобы он немедленно вернулся на свою кафедру, в противном случае люди, верные Иоанну Златоусту, принудят его к этому силой.