По его мнению, следование учению 12 апостолов не является спасительным, поскольку ученики Христа были невежественными, маловерными и заблуждались относительно истинной сущности Иисуса (автор «Евангелия Иуды», по мнению исследователей, подразумевает те места из канонических Евангелий, в которых говорится о сомнениях, маловерии и о непонимании Иисуса Христа апостолами, проявлявшихся во время земного служения Спасителя). Острие полемики направлено и против церковного учения о таинстве евхаристии (отношение автора к таинству крещения исследователям неясно из-за плохой сохранности соответствующего раздела). Сравнение «Евангелия Иуды» с другими трактатами, входящими в «Кодекс Чакос», показывает исследователям, что они принадлежали разным группам гностиков и в ряде аспектов противоречат друг другу. Тем не менее, исследователи полагают, что составитель кодекса намеревался собрать вместе повествования, альтернативные или дополняющие историю новозаветной церкви, представленную в книге «Деяния святых апостолов» (все трактаты затрагивают такие ключевые темы, как собрание апостолов на Елеонской горе, проповедь апостола Петра, лидерство Иакова в Иерусалимской церкви, замещение Иуды другим апостолом, мученичество апостолов). Подобный приём исследователи встречают в кодексах из Наг-Хаммади, однако прямых связей между «Кодексом Чакос» и гностической библиотекой из Наг-Хаммади исследователи не выявили. «Евангелие Иуды» в «Кодексе Чакос» написано на саидском диалекте коптского языка с влиянием локального говора или среднеегипетского диалекта. Однако оригинал был составлен на греческом языке, что подтверждается обилием греческой лексики. Если «Евангелие Иуды» – тот самый текст, о котором говорит Ириней Лионский, его оригинал появился не позднее 180 г. Знакомство автора с каноническими Евангелиями и «Деяниями святых апостолов» говорит о том, что «Евангелие Иуды» было составлено, скорее всего, в первой половине или середине II в. Сторонники теории о принадлежности «Евангелия Иуды» секте сифиан полагают, что сочинение могло быть создано и позднее, чем сообщение Иринея Лионского о нём как о произведении секты каинитов. Текст «Евангелия Иуды» в «Кодексе Чакос» не разбит на главы и не имеет подзаголовков, хотя в ряде мест писец, возможно, указывал на начало нового раздела с помощью черты и отступа. Нумерация и деление текста (по страницам кодекса и строкам) введены издателями; им же принадлежат тематические подзаголовки. По объёму «Евангелие Иуды» является небольшим сочинением и сопоставимо с повествованием о Страстях в Евангелии от Марка. Апокриф начинается с краткого пролога, в котором говорится о том, что Иисус передал тайное откровение в беседе с Иудой Искариотом («в течение недели, [окончив] за 3 дня до того, как Он пострадал (или до того, как отпраздновал Пасху)» – похожее вступление есть в «Апокрифе Иоанна» из Наг-Хаммади). Упоминание о трёх днях, по мнению исследователей, определяет структуру текста. На каждый день приходится беседа Спасителя с 12 учениками и Его тайная беседа с Иудой. Первая беседа с учениками посвящена теме евхаристии. После неё Иисус беседует с Иудой наедине, а затем оставляет его. Вторая беседа начинается «на следующее утро», когда Иисус снова является ученикам. Беседа продолжается проповедью о храме (в связи с видением, которое было всем 12 ученикам одновременно) и завершается ещё одной тайной беседой с Иудой, после которой Иисус уходит. В третьем разделе, самом большом, Иисус говорит только с Иудой.