Они настолько слепы, что даже такой нечестивец, как Иуда, может увидеть сущность Иисуса, а они нет. Иисус в апокрифе смеётся над молитвой благодарения над хлебом (евхаристией), которую произносят ученики, поскольку то, что они делают, является поклонением демонам: только демону Ялдабаоту может быть приятно принесение в жертву Крови Младенца. С этим же связано истолкование Иисусом видения учениками 12 священников Иерусалимского храма, приносивших своих детей в жертву на алтаре во имя Иисуса. По словам Иисуса, это видение относится к самим ученикам, которые и есть эти нечестивые священники, приносящие жертвы не Верховному Богу, а «служителю заблуждения», «Господину вселенной» Ялдабаоту. Среди учёных идёт дискуссия о том, принадлежит ли, согласно «Евангелию Иуды», Иуда Искариот к поколению Сифа, или он является демоном подземного мира. С одной стороны, в апокрифе постоянно подчёркивается, что Иуде было доступно тайное знание о Небесном Царстве невидимого Духа, недоступное даже ангелам, и что Сам Иисус выделял его среди учеников. С другой стороны, его предательство – это и тайна, и часть божественного плана. Тем не менее, как показала А. Де Коник, Иуда изображается в «Евангелии Иуды» негативно, а интерпретация «Евангелия Иуды» как апологии Иуды связана с неверным (возможно, намеренно) прочтением коптского текста. Так, в предварительном варианте реконструкции, получившем широкое распространение благодаря рекламной кампании «National Geographic Society», говорилось: «В последние дни они проклянут твоё вознесение к святому поколению». В критическом издании представлен иной текст: «В последние дни они [далее некий глагол в будущем времени...] тебя, и ты не взойдёшь наверх к святому поколению». В другом месте в предварительном и критическом изданиях присутствует такой текст: «...Ты будешь выше их всех, поскольку принесёшь в жертву человека, который носит Меня». Р. Кассер, Б. Эрман и другие учёные истолковали его так, что Иуда оказывается выше других апостолов благодаря своей тайной миссии. Однако, по мнению А. Де Коник, в действительности в коптском тексте говорится о том, что Иуда «превзойдёт их [в нечестии]». Первые издатели и комментаторы также неверно перевели коптское выражение «daimwn» как «дух». Но как в раннехристианской, так и в гностической литературе слово «демон» всегда имеет только негативные коннотации. Поэтому в коптском тексте Иуда называется именно «тринадцатым демоном» наряду с 12 другими демонами-архонтами. Он связан с 13-м царством и его звездой. В гностической литературе этого демона обычно называют Ялдабаот или Небруэль. Иуда отделён от «святого поколения». Звезда Иуды ввела его в заблуждение, он думал, что может достичь вышнего царства, но так и остался демоном. По свидетельству Епифания Кипрского, каиниты верили, что Иуда, предав Христа, сделал доброе дело и послужил спасению, поскольку имел тайное знание, что Крестная смерть Христа уничтожит силу архонтов. Однако в сотериологии «Евангелия Иуды» Распятие не играет особой роли: спасает не деяние, а знание (гносис) о своём происхождении. По мнению автора «Евангелия Иуды», тела всех людей умрут как ненужные оболочки-темницы, сковывающие души, спасутся же только души гностиков, принадлежащих к поколению Сифа.