19 апреля 1969 г. Жан Даниелу был поставлен архиепископом Таорминским, 30 апреля возведён папой Павлом VI (1963–1978 гг.) в сан кардинала-диакона, в связи с чем сложил с себя обязанности профессора и декана, однако нового назначения не получил. В 1972 г. был избран членом Французской академии, почётным членом Афинской академии и Национальной академии деи Линчеи в Риме. Жана Даниелу называли кардиналом интеллектуалов. В это же время он получил орден Почётного легиона. Как кардинал выступал в рамках Французской епископской конференции, перед широкой аудиторией на радио и телевидении, в католических группах и профессиональных клубах, борясь с секуляризацией и отстаивая учение второго Ватиканского собора, чем настроил против себя значительную часть французского клира. Если общие мировоззренческие установки Жана Даниелу нашли выражение в книге «Знамение Храма...», то его научное credo было сформулировано в программной статье «Современные направления религиозной мысли», ставшей манифестом целого поколения христианских богословов – представителей так называемой новой теологии. Главная идея, руководившая Жаном Даниелу при написании книги «Знамение Храма...», заключена в осознании повсеместного присутствия Бога – в истории, церкви, Писании, природе, вселенной и, наконец, в каждой душе. Из этого ощущения разворачивается богословская идея о всеобщей причастности творения Богу. Храм как макрокосм есть вселенная, храм как микрокосм есть человеческая душа; в обоих случаях в храме обитает Бог. В этом утверждении содержится уверенность Жана Даниелу в осуществлении «всемирного» искупления. Статья «Современные направления...» является его научной программой. Её идеи были откликом на актуальные проблемы христианского богословия первой половины XX в., в частности, на католический модернизм; разрешение этих проблем представлялось Жану Даниелу возможным лишь при обновлении богословских методов. Он писал: «Современное богословие стоит перед лицом трёх требований: оно должно трактовать Бога как Бога, не как Объект, но как Субъект по преимуществу, Который проявляет Себя тогда и так, как Он того хочет, и, стало быть, прежде всего, проникнуться религиозным духом. Оно должно отвечать внутреннему опыту современной души и учитывать новые измерения, которые наука и история придали пространству и времени, а литература и философия – душе и обществу. И, наконец, оно должно быть чёткой позицией по отношению к бытию, ответом, охватывающим всего человека целиком, внутренним светом действия, в котором разворачивается вся жизнь. Богословие будет живо лишь в том случае, если будет отвечать этим устремлениям». Иными словами, оно должно говорить на современном языке о реальном человеке, о мире и о Боге. В этом заключается новизна «новой теологии».