В ходе дальнейшего углубления темы совмещения богословского опыта с философским инструментарием Жан Даниелу изучил наследие Филона Александрийского («Philon d'Alexandrie», 1958 г.). Вопреки распространённому мнению он считал, что Филону вовсе не свойствен религиозный синкретизм. Жан Даниелу имеет ряд исследований, в которых рассматриваются патристические свидетельства, касающиеся церковной археологии, древней символики и истории церковного богослужения: в книге «Bible et Liturgie» («Библия и Литургия», 1951 г.) объясняется смысл церковных таинств (крещение, миропомазание и евхаристия), церковных праздников и богослужений (седмичный цикл, Пасха, Вознесение, Пятидесятница), раскрываются исторические особенности сложившихся внешних форм таинств и богослужений. В книге «Les symboles chrétiens primitifs» («Древнейшие христианские символы», 1961 г.) даётся объяснение раннехристианской символики: например, раскрывается значение такого распространённого символа, как «рыба», при посредстве другого символа – «вода живая»: рыбы – это христиане, обитающие в воде живой, которую им даёт Христос. В этом же ключе написана книга «Les Anges et leur mission, d'après les Pères de l'Église» («Ангелы и их служение по учению отцов Церкви», 1952 г.): в древние времена ангелы занимали больше места в жизни церкви, поскольку духовная сторона самой жизни была шире, что отвечало эллинистической тоске по умопостигаемому миру. Они повсюду: в Писании, мире, душе. Они не стремятся сами получить славу, но желают только распространить Божественную. Они – идеальные апостолы, исполняющие своё служение, не переставая при этом созерцать Троицу и не впадая в прелесть самолюбования. Их основная задача – приготовление к жизни во Христе: на пути духовного восхождения душа проходит через ангельские чины, которые вводят её в познание, но на этом душа не останавливается. Значительным вкладом Жана Даниелу в историческую науку является фундаментальная трилогия «Histoire des Doctrines chrétiennes avant Nicée» («История христианских учений до Никеи»): «Théologie du Judéo-christianisme» («Богословие иудео-христианства», 1958 г.); «Message évangélique et culture hellénistique aux IIe et IIIe siècles» («Евангельская весть и эллинистическая культура во II и III вв.», 1961 г.); «Les origines du christianisme latin» («Происхождение латинского христианства», 1978 г.), а также «Nouvelle histoire de l'Église» («Новая история Церкви», 1963 г.). Все три исторических слоя, вскрытые Жаном Даниелу, имеют одно сходство: иудейское, греческое и латинское христианство было культурным откликом на христианское благовестие; не меняя содержания христианской проповеди, оно вмещало её в различные формы. Его исследования в области иудео-христианства («Les Manuscrits de la Mer Morte et les origines du christianisme» – «Рукописи Мёртвого моря и истоки христианства», 1957 г.; «Philon d'Alexandrie» – «Филон Александрийский», 1958 г.; «Études d'exégèse judéo-chrétiennes» – «Очерки иудео-христианской экзегезы», 1966 г.) были живым откликом на произошедшее незадолго до того открытие кумранских текстов.