Жан Даниелу показал многообразие первоначальных форм христианства и их отличие от дальнейшего эллинистического этапа церковной истории. Между кумранскими текстами и раннехристианской письменностью, считает Жан Даниелу, существуют одновременно значительное сходство и существенные различия. Следы «кумранского влияния» он находит у апостола Павла, у гностиков и у сирийских и римских христиан. Первые христиане получили от иудеев разнообразные экзегетические традиции, от буквализма до крайнего аллегоризма. Жан Даниелу писал: «Познакомив нас со средой, непосредственно окружавшей зародившееся христианство, кумранские открытия разрешили многие вопросы, на которые экзегеза не могла дать удовлетворительного ответа: характеристика среды, окружавшей Иоанна Крестителя в ранний период его жизни, точная дата Пасхи, происхождение иерархии, словарь св. Иоанна и происхождение гностицизма...» Жан Даниелу предпринял попытку богословской реконструкции открытого пласта древней традиции; по его мнению, определяющей чертой иудео-христианского периода является острый апокалиптический характер; преодолевая иудео-христианство, Вселенская церковь сохранила некоторые его элементы. Эту тему он продолжил в исследовании об экзегезе иудео-христианства. На обширном материале философских и богословских источников первых веков он рассматривал роль античной греческой и римской культуры в христианском образовании как евангельское приготовление, приводил многочисленные свидетельства в пользу античной философии, которая есть провиденциальное приготовление к Благой вести и потому является даром Божьим. Христианское богословие, согласно Жану Даниелу, по преимуществу находит выражение в терминах платонической философии. Он приходит к следующим выводам: христианство было законным наследником как греческого разума, так и иудейской веры. В отличие от немецкого протестанта Адольфа фон Гарнака (1851–1930 гг.), который полагал, что встреча Евангелия с эллинизмом дала импульс к развитию христианского богословия, Жан Даниелу считал, что столкновение христианства с греческой философией поставило его перед иной, не апокалиптической, проблематикой – перед необходимостью использования философского инструментария для формулирования христианского вероучения. Жан Даниелу называет апологета Татиана пограничной фигурой между иудейским и эллинистическим периодами. Для него вопрос о происхождении первых латинских богословских текстов носит принципиально важный характер – были ли патристические источники, на которые опирался Тертуллиан, оригинальными или переводными с греческого? Жан Даниелу обнаруживает наличие оригинальной латинской традиции, тесно связанной с иудео-христианством. В отличие от направлений развития греческого богословия в русле александрийской и антиохийской школ в раннем латинском богословии, по мнению Жана Даниелу, продолжала развиваться типологическая традиция, восходящая к мученику Иустину Философу и священномученику Иринею Лионскому; другая важная особенность – фундаментальное значение, закреплённое за богословием истории.