В речи при закрытии Собора Константинопольский патриарх Варфоломей выразил надежду, что вернувшиеся в лоно церкви окажутся достойными доверия, оказанного им православными христианами всего мира. Патриарх Варфоломей обратился к болгарскому  народу с призывом принять своих раскаявшихся братьев и восстановить тем самым единство и мир в церкви. Однако Собор не стал окончательным завершением раскола, поскольку до настоящего времени часть общин отказывается признавать юрисдикцию законного Священного Синода и патриарха Максима. После смерти Пимена (10 апреля 1999 г.) наместником – председателем синода раскольников был избран «митрополит» Софийский Иннокентий. В обращении Священного Синода Болгарской православной церкви от 28 января 2003 г. приветствуется принятие Народным собранием Болгарии нового Закона о вероисповедании, в котором «подтверждены естественные права Болгарской Православной Церкви». Следуя каноническим традициям и основам христианской любви и всепрощения, Священный Синод объявляет, что «двери к покаянию отворены для всех, желающих вернуться в единство со своей святой Церковью и святым Православием». В настоящее время юрисдикция Болгарской православной церкви распространяется на территорию Болгарии, а также на православные болгарские общины Западной Европы, Северной и Южной Америки и Австралии. Высшая духовная власть принадлежит Священному Синоду, в который входят все митрополиты во главе с патриархом. Полный титул предстоятеля: Святейший Патриарх Болгарский, митрополит Софийский. Резиденция патриарха находится в Софии. В малый состав Синода (постоянно работающий) входят четыре митрополита, избираемые сроком на четыре года всеми архиереями церкви. Законодательная власть принадлежит Церковно-Народному Собору, членами которого являются все служащие архиереи, а также представители духовенства и мирян. Высшая судебная и административная власть осуществляется Синодом. При Синоде имеется Высший Церковный Совет, в ведении которого находятся хозяйственные и финансовые вопросы. Председателем Высшего Церковного Совета является патриарх; Совет состоит из двух священнослужителей, двух мирян как постоянных членов и двух заместителей, избираемых на четыре года Церковно-Народным Собором. Болгарская православная церковь состоит из 14 епархий (митрополий): Софийская (кафедра в Софии), Варненская и Преславская (Варна), Велико-Тырновская (Велико-Тырново), Видинская (Видин), Врачанская (Враца), Доростольская и Червенская (Русе), Ловчанская (Ловеч), Неврокопская (Гоце-Делчев), Плевенская (Плевен), Пловдивская (Пловдив), Сливенская (Сливен), Стара-Загорская (Стара Загора), Американско-Австралийская (Нью-Йорк), Центрально-Западноевропейская (Берлин). На 2002 г. действовали, по официальным данным, около 3800 храмов, в которых служили более 1300 священнослужителей; более 160 монастырей, где подвизались около 300 монахов и монахинь. Богословские дисциплины преподаются в государственных учебных заведениях (богословский факультет Софийского университета имени св. Климента Охридского; богословский факультет и факультет церковного искусства Велико-Тырновского университета; кафедра богословия Шуменского университета). Учебные заведения: Софийская духовная семинария во имя преподобного Иоанна Рыльского; Пловдивская духовная семинария. Церковная печать представлена следующими изданиями: «Църковен вестник» (официальный орган), «Духовна култура» (ежемесячный журнал), «Годишник на Духовната Академия» (ежегодник).