Попытки патриарха Максима и других архиереев возвратить являвшееся собственностью Болгарской церкви здание были пресечены органами государственной власти (здание было возвращено законному Священному Синоду в 1994 г.). Между раскольниками и законным Священным Синодом во главе с патриархом Максимом началось открытое противостояние, предметом которого стало недвижимое имущество церкви. Раскольники захватывали храмы, канцелярии митрополитов, ряд других зданий и помещений, начали рукополагать своих «митрополитов» и «епископов». 7 июня 1994 г. раскольничий синод во главе с митрополитом Пименом Неврокопским учинил «духовный суд», «низложивший» и «отлучивший от Церкви» патриарха Максима. «Низложенными» (без отлучения) были объявлены митрополиты Дометиан Видинский и Кирилл Варненский и епископы Григорий Константийский, Неофит Левкийский, Нафанаил Крупнишский и Игнатий Знепольский. В 1995 г. митрополит Панкратий Старозагорский оставил лагерь раскольников и обратился с покаянным прошением в канонический Священный Синод. 17 декабря 1995 г. был созван Архиерейский Собор, который восстановил низложенного Старозагорского митрополита в сущем сане. В начале июля 1996 г. раскольники провели в Софии свой «церковно-народный Собор», который принял новый церковный Устав, «канонизировал» «апостола свободы» В. Левского (под именем «св. иеродиакона Игнатия») и избрал «патриархом» митрополита Пимена Неврокопского. 2–4 июля 1997 г. канонический Священный Синод провёл четвёртый Церковно-Народный собор, который единодушно осудил репрессии безбожного коммунистического режима и почтил память его жертв. Были рассмотрены и другие вопросы, в частности связанные с деятельностью раскольников, была подчеркнута необходимость активизации социальной и благотворительной деятельности церкви, укрепления церковной дисциплины; Собор одобрил использование современного болгарского языка в богослужении. По инициативе раскольников 22 июня 1998 г. в Софии была созвана Общенациональная конференция священников и мирян, на которой присутствовали и клирики законного Священного Синода. Конференция приняла решение провести внеочередной общеболгарский Церковно-Народный собор. 30 сентября – 1 октября 1998 г. в Софии состоялся Святой расширенный и Всеправославный Собор, созванный по просьбе патриарха Максима и по предложению Константинопольского патриарха Варфоломея (с 1991 г.), под председательством которого он проходил. На заседаниях помимо патриархов присутствовали митрополиты, епископы и клирики Болгарской православной церкви, предстоятели и представители других поместных православных церквей. Представители раскольников (без Пимена) явились на Собор, чтобы просить о прощении. Они признали патриарха Максима единственным законным главой Болгарской церкви и отказались от полученных ими во время раскола архиерейских назначений. Учитывая их раскаяние, Священный Синод принял решение о возвращении их в лоно церкви и о восстановлении в епископском достоинстве. Пимен отказался от своих претензий на церковное руководство, и Собор снял наложенную на него анафему, вернув ему архиерейское достоинство с титулом «бывший митрополит Неврокопский». Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (1990–2008 гг.) подчёркивал в своих выступлениях на Соборе, что представители всех поместных православных церквей собрались в Софии, чтобы поддержать Болгарского патриарха Максима и руководимую им законную Болгарскую православную церковь. По словам патриарха Алексия II, раскол Болгарской церкви нарушил нормальное течение церковной жизни во всей стране, причём больше всего от него страдали православные прихожане.