8 сентября 1948 г. на заседании Священного Синода экзарх был отстранён от дел, что через два дня было одобрено политбюро ЦК компартии Болгарии. 24 ноября 1948 г. он, больной, был отправлен в с. Баня Карловского р-на, лишён права свободного передвижения и права совершать богослужение. Патриарх Московский и всея Руси Алексий I глубоко сострадал владыке Стефану и оказывал помощь в его лечении. Требования властей были удовлетворены Священным Синодом, было принято решение одобрить применение резолюций Московского Всеправославного совещания. После этого власти согласились продолжить некоторое финансирование Болгарской церкви государством (жалованья священникам) и фактически признали права и статус церкви в социалистическом государстве. После принятия 24 февраля 1949 г. закона об исповеданиях глава дирекции вероисповеданий болгарского правительства П. Тагаров встретился с наместником – председателем Священного Синода митрополитом Паисием Врачанским и потребовал от него согласования действий Болгарской церкви с правительственной политикой. Предлагалось отстранить ряд служителей церкви, как духовных, так и светских лиц, которых правительство считало «реакционерами». Под контролем дирекции вероисповеданий Священный Синод должен был заниматься разработкой нового Устава для Болгарской православной церкви. Предполагалось, что в случае отказа Священного Синода принять установки правительства относительно данного документа эту функцию возьмёт на себя Священнический союз, который должен был созвать конгресс и предложить ввести новый церковный Устав. 3 января 1951 г. Священный Синод принял Устав и избрал своим новым наместником – председателем митрополита Кирилла Пловдивского. С момента введения нового Устава юридически Болгарская православная церковь стала рассматриваться как патриархат, но в церковно-каноническом плане этот вопрос оставался неурегулированным. Как правительство, так и Священный Синод предприняли шаги к восстановлению патриаршества в Болгарской церкви; 10 сентября 1948 г. политбюро ЦК компартии приняло соответствующее решение: «Руководствуясь необходимостью укрепить общественный авторитет Болгарской Православной Церкви, что является необходимым условием организации борьбы православных церквей против Ватикана и его реакционной политики, ЦК дает Болгарскому Экзархату согласие на его возведение в ранг Патриархата». Необходим был созыв Церковно-Народного собора, который своим решением провозгласил бы восстановление патриаршества, а также одобрение этого акта поместными православными церквами. 8 мая 1953 г. в Софии был открыт третий Церковно-Народный собор Болгарской православной церкви, на котором присутствовало 107 выборщиков. Собор принял с небольшими изменениями Устав БПЦ, а 10 мая состоялись выборы патриарха. Священный Синод определил в качестве претендентов на патриарший престол митрополитов Кирилла Пловдивского, Неофита Видинского и Климента Старозагорского, кандидатуры которых были одобрены правительством. На выборах абсолютным большинством голосов был избран Кирилл, ставший новым патриархом Болгарской православной церкви (на Соборе не было представителей Константинопольского патриархата). С первого дня своего восстановления Болгарский патриархат был признан Антиохийской, Русской, Грузинской, Румынской, Польской и Чехословацкой православными церквами, предстоятели которых приняли участие в торжественной интронизации патриарха Кирилла 10 мая 1953 г. В письме от 6 июня 1953 г. Патриарх Московский и всея Руси Алексий I в соответствии с каноническим порядком извещал, что Русская православная церковь признаёт Болгарскую православную церковь в ранге патриархата. В конце 1954 г. патриаршество Болгарской православной церкви было признано Александрийской православной церковью, а в 1955 г. – Сербской православной церковью. Весной 1962 г. болгарская церковная делегация во главе с патриархом Кириллом нанесла официальный визит Константинопольскому патриарху и посетила Восточные патриархаты (Иерусалимский, Антиохийский и Александрийский), а также Элладскую православную церковь и Афон. Тогда же Болгарский патриархат был официально признан предстоятелями Иерусалимской и Элладской православных церквей.