Пахомий прожил с Паламоном около семи лет, проводя все время в трудах и молитве. Однажды он оказался среди развалин селения Тавенисси (Табенны), и здесь к нему был голос: «Пахомий, подвизайся и пребывай на этом месте; построй себе обитель, и множество людей придут к тебе, чтобы сделаться монахами около тебя». Пахомий рассказал об этом Паламону, и тот благословил его на строительство нового монастыря, после чего вернулся на место своих подвигов и вскоре умер. А обитель Пахомия стала быстро наполняться иноками. Он установил для них некоторые правила, предписав всем единообразие в пище и одежде. Когда количество иноков в Табенне стало слишком велико, он основал неподалеку еще монастырь, а потом было устроено еще несколько монастырей выше и ниже по течению Нила (при жизни Пахомия их число достигло девяти). Все они вели одинаковый образ жизни, подчиняясь одним и тем же правилам, одной и той же администрации.

С этой целью Пахомий разработал первый в истории монастырский устав, подробно регламентирующий монашескую жизнь. Устав Пахомия быстро распространился в христианском мире. До нас он дошел в редакции Палладия, а в латинском переводе, более пространном, приписывается Иерониму. Все монастыри находились под управлением одного общего аввы, которому принадлежал главный надзор над всей братией. В монастырях имелись свои второстепенные начальники – настоятели и игумены, бывшие в подчинении у главного аввы и доносившие ему о состоянии своих обителей. Хозяйственной деятельностью заведовали экономы. Под предводительством своих начальников монахи должны были проводить жизнь в молитве, чтении духовных книг и трудах. Общее богослужение совершалось дважды в сутки – днем и ночью. В первый и последний день недели они причащались Святых Тайн, причем литургия совершалась обыкновенно соседними пресвитерами, т.к. Пахомий, опасаясь проявления в братии духа любочестия, не допускал, чтобы кто-нибудь из них принял пресвитерский сан, как и сам не принимал его. Кроме того, иноки должны были совершать молитвы перед отходом ко сну и после сна. Чтением монахи занимались в своих кельях в свободное от молитвы и работы время, получая книги из монастырской библиотеки.

Пустынножительство монахов по образцу устава Пахомия называется киновитным. Оно сложилось в следующих чертах. Каждый монастырь был окружен замкнутой оградой, внутри находилось 3 или 4 дома, в которых помещалось по сорок монахов, сгруппированных по роду их труда. Монахи поселялись в отдельных кельях (у Пахомия – по три в келье, в других обителях Египта – по два, а в Сирии – по одному). Определенное число таких келий составляло лавру; в каждой было общее место для трапезы и для иных собраний всех монахов. Иногда монахи поселялись в одном здании и составляли монастырь или общежитие в более узком смысле этого слова. Работы распределялись сообразно с силами каждого; они состояли сначала в обработке земли для собственных потребностей, в плетении циновок и корзинок из нильского тростника. Затем стали развиваться ремесла: кузнечное, лодочное, ткаческое, кожевенное и т.п. Излишки должны были раздаваться бедным (однако на практике это не всегда соблюдалось и, в противоречие с уставом, у монахов иногда появлялась, таким образом, частная собственность). На работы монахи выходили в порядке и в молчании, вслед за своим настоятелем. Молчание вообще приписывалось в любое время во избежание пересудов. От всякого инока, какую бы должность в монастыре он ни занимал, требовалось полное подчинение начальнику и безусловно точное исполнение устава. Это было главным отличием обители Пахомия от жизни прежних отшельников. Без позволения начальника никто из братии не мог не только выйти из монастыря, но не мог даже начать новой работы или перейти с одного места на другое. Своим трудом монахи добывали для обители все необходимое.