Исторические детали в произведениях греческих историков выглядят смутными воспоминаниями. Набонид упоминается у писавшего по-гречески вавилонского жреца Бероса. В отличие от более ранних жреческих историографических текстов описание правления Набонида сделано Беросом беспристрастно и крайне лаконично: Кир помиловал Набонида после захвата его в плен, но впервые в известных вавилонских источниках персидский царь объявляется ответственным за разрушения в Вавилоне. Набонид не упоминается ни в Библии, ни в раввинистической литературе. Среди рукописей Кумрана есть произведение, которое, как полагают исследователи, и легло в основу библейского предания о безумии Навуходоносора (так называемая Молитва Набонида). Воспоминания о Набониде, судя по всему, сохранились в библейских легендах о пророческих снах Навуходоносора и о принятии им монотеизма (Дан. 2). Валтасар, названный в Библии сыном Навуходоносора, был сыном Набонида. История из «Книги пророка Даниила» о внезапном безумии Навуходоносора, о его уподоблении животному и бегстве из человеческого общества восходит к эпизоду из биографии Набонида, когда он жил в Теме. В Библии Бог превращает Навуходоносора в полузверя за гордыню и излечивает его через семь лет, чтобы показать ему Своё всевластие. Представление о действительном безумии Навуходоносора более позднее. «Молитва Набонида» основана на вере в универсальность правления и уникальность еврейского Бога, Который демонстрирует доброжелательность к евреям. По сюжету Набонид, будучи в Теме, страдает от страшной кожной болезни семь лет, до тех пор пока не обращается к Богу иудеев. Заканчивается произведение письмом царя, составленным по приказу еврейского прорицателя, подтверждающим превосходство Всевышнего Бога над вавилонскими идолами. Некоторые учёные видят аналогию между описанием кожной болезни царя в «Молитве Набонида», из-за чего он был вынужден изолироваться от людей, и стандартной формулой проклятия, найденной в клинописных источниках III и II тыс. до н.э., содержащих моления к Сину с просьбой поразить преступника кожной болезнью и отправить его скитаться в засушливых степях, как дикого осла. Клинописные хроники из Урука, датируемые эллинистическим периодом, ассоциируют похожее проклятие и с Шульги (около 2093 – 2047 гг. до н.э.), вторым и наиболее успешным правителем третьей династии Ура (около 2109 или 2104–2004 гг. до н.э.). Исследователи не исключают, что эта история была заимствована из «Книги пророка Даниила». Исследователи полагают, что пребывание Набонида в Теме евреи, жившие в Вавилонии, переосмыслили как вынужденный карантин из-за болезни царя. По еврейским законам человек, заболевший проказой, должен жить вне общины, чтобы не заразить окружающих (Лев. 13:45–46; Плач. 4:15; Числ. 5:2–3; 4 Цар. 7:3; ср.: Лк. 17:12). В Ветхом Завете содержатся, скорее, смутные воспоминания об исторических событиях, связанных с Набонидом. Пророческие тексты Библии, такие как предсказание Вавилону в Ис. 13 и 21, Иер. 50–51 и особенно предсказание Киру в Ис. 44:28–45:4, основаны прямо или косвенно на событиях в Вавилонии времён Набонида и персидской оккупации.