Надписи, описывающие строительные проекты Набонида, были найдены во многих местах. Вавилонские источники (хроники, цилиндр Кира с клинописными текстами и так называемый Вавилонский памфлет о Набониде) были созданы после правления Набонида, скорее всего, как полагают исследователи, в кругах жрецов Мардука, и содержат оправдание персидских завоеваний. Источники отсылают к содержанию надписей Набонида и представляют последнего вавилонского царя не в лучшем свете. Кир же изображается освободителем и рассматривается как легитимный преемник вавилонского трона. Тексты на цилиндре Кира и Вавилонский памфлет о Набониде характеризуют Набонида как богохульника, а Кира как исполнителя плана богов. При перечислении злодеяний Набонида (в частности, сообщается, что он стал причиной несчастий народа) страна обеднела, наступил голод. И хотя надписи на царских стелах в целом свидетельствуют о процветании, как видно из харранской надписи Набонида, в Вавилонии во время его правления были голодные годы (например, в одиннадцатый год правления Набонида (545–544 гг. до н.э.)). Те десять лет, которые Набонид провёл в Теме, в Вавилоне не проводилось празднование Нового года – важного ритуала в честь верховного бога Мардука, который невозможно было совершать без царя. Жрецы были недовольны пренебрежительным отношением Набонида к традициям. В Вавилонском памфлете говорится, что память о Набониде была уничтожена (например, греки не знали о нём почти ничего, и в Библии он не упоминается); осуждаются претензии Набонида на знание и мудрость. Он обвиняется в создании устрашающего образа харранского бога луны и даже в попытке убедить жрецов храма Мардука в Вавилоне в том, что их храм на самом деле принадлежит Сину, т.к. в нём были символические изображения в виде полумесяца (этот эпизод отражён и в надписях Набонида). Но память вавилонян о Набониде не была только негативной. Исследователи полагают, что именно этим можно объяснить тот факт, что узурпаторы, появившиеся в Вавилоне в начале правления царя Дария I, брали тронное имя сыновей Набонида – Навуходоносора III и IV. В греческой историографии впервые находит отражение идея о том, что Кир завоевал Вавилон. Негативный образ Кира мог возникнуть именно во времена Геродота (при Дарии I и в период антиперсидской пропаганды) и, как полагают исследователи, восходил к легендам вавилонских повстанцев. Предания о Набониде, возможно, уже не дошли до Геродота, либо он не принял их к сведению. Традиция передачи имени (Лабинат), которой следовал Геродот, могла быть отражена в тексте «Книги пророка Даниила», где главным вавилонским царём является Навуходоносор. Ксенофонт, не называя имени последнего вавилонского царя, с уверенностью описывает его как нечестивого человека.