Набонид построил оборонительную стену на берегу Евфрата в Вавилоне, несколько найденных там кирпичей с печатями подтверждают это утверждение, хотя нет свидетельств датировки этих работ. В десятый год правления Набонида (546–545 гг. до н.э.) были восстановлены храм бога солнца Шамаша Эбаббар в Ларсе и зиккурат в храмовом комплексе, посвящённом тому же богу, в Сиппаре. В семнадцатый год правления (539–538 гг. до н.э.) Набонид стал собирать в Вавилоне статуи богов из других городов для торжеств в честь бога Сина. В хрониках описаны празднование весны и Нового года в Вавилоне и военное столкновение с персами. В августе 539 г. до н.э. персы разбили вавилонскую армию у города Упи (Опис в греческих источниках) на берегу Тигра. Затем они начали осаду Сиппара, где находился Набонид, город пал без сопротивления, а Набонид бежал в Вавилон. Персидская армия без боя вошла в Вавилон, царь был взят в плен. В хрониках рассказано о защите храма в Вавилоне отрядом гутийских воинов, благодаря чему совершение ритуалов в храме не было прервано. В октябре Кир вошёл в Вавилон, где его встретили с почестями. В стране была установлена персидская администрация. Согласно Беросу, Набонид был захвачен в Борсиппе, и Кир поселил его в Кармании (область на юге современного Ирана). Надписи Набонида сообщают о его вере в божественную легитимацию своего правления, которое имело реформаторский характер. Во многих царских надписях с древнейших времён исследователи встречают упоминания о том, что царь, посредник между богами и людьми, получал распоряжения от богов. В идеологии Набонида бог луны Син (аккад.), или Наннар (шумер.), занимает позицию верховного вавилонского бога Бела (он же Мардук). Этот бог отличался от привычного для вавилонян бога Сина по атрибутике и даже по названию храма. Храм Сина в Уре назывался Экишнугаль, в Харране – Эхульхуль. Считается, что Син имеет западно-семитское происхождение. По мнению исследователей, этот культ начал зарождаться именно в Харране на основе культа западно-семитского лунного бога Ше и распространялся дальше в восточно-семитском направлении, т.к. в его мифологии прослеживаются месопотамские традиции (см. Месопотамии религия). Другая особенность идеологии Набонида – представление об Ассирии и Вавилонии как об одном царстве, единой культуре. Многие учёные видят в надписях Набонида почти навязчивую страсть царя к перестройке храмов в Вавилонии по их древним планам, вплоть до того, что он раскапывал места древних храмов и, обнажая ранние фундаменты, заново строил храмы на них без изменений более чем на ширину пальца. В процессе раскопок он открывал древности, например, статую Саргона Аккадского, которую восстановил и которой утвердил регулярные жертвоприношения. В целом подобную деятельность исследователи считают типичной для месопотамских царей всех времён: храмы строились из быстро осыпавшегося сырца, поэтому особенность строительных методов Набонида исследователи объясняют месопотамской верой в то, что истина имеет истоки в древности.