В эпоху разделённого царства колено Манассии составило костяк Израильского царства, где сохранилось предание об отдельных благочестивых членах колена Манассии, перешедших в Иудейское царство при царе Асе из-за идолопоклонства на их территории (2 Пар. 15:9–15). В рассказе о централизации культа во время религиозной реформы иудейского царя Езекии говорится, что отдельные благочестивые представители колена Манассии прибыли в Иерусалим на празднование Пасхи, после которого участвовали в разрушении языческих идолов на своей земле (2 Пар. 20; 30:11). В пророчестве Иезекииля о новом мессианском царстве колено Манассии получает свой удел между землями колен Неффалима и Ефрема (Иез. 48:4, 5). В «Книге пророка Исаии» противостояние Манассии с Ефремом представлено в виде ужасающей картины насильственного самоуничтожения, предсказывающей падение Северного царства (Ис. 9:19). Как один из собирательных образов Израильской земли колено Манассии упоминается в поэтических текстах (Пс. 59:9; 107:9). В ряде списков Манассия и Ефрем выступают как отдельное колено – Иосифово, прежде всего, когда речь идёт о благословении колен (см., например, Быт. 49:1–28; Втор. 27:12–14; 33). В списке из Числ. 13:12 Манассия хоть и упомянут отдельно, но представлен через Иосифа. В списках другого типа Манассия и Ефрем – два разных колена, но при этом колено Левия не включено в список (оно отсутствует, как не имеющее своей территории), тем самым получается 12 колен (Числ. 2:18–24; 26:29–37; 34:23–24). В Нав. 16–17 наряду с их отдельным упоминанием колена Манассии и Ефрема выступают как «сыны Иосифа». История происхождения Манассии, представленная в Быт. 48:13–14, повлияла на место этого колена: несмотря на формальное генеалогическое старшинство, во всех списках (кроме Числ. 26:28; 34:23–24, 34–35) оно всегда упоминается после колена Ефрема, что отражает политическое превосходство последнего. Исследователи полагают, что приоритетное упоминание колена Манассии в книге «Числа» отражает факт обладания коленом большей территорией и многочисленностью его представителей. Уникальный порядок расположения колен представлен в Новом Завете: в списке запечатлённых печатью спасённых праведников представители колена Манассии упомянуты в «Откровении» Иоанна Богослова между коленами Неффалимовым и Симеоновым, при этом колено Ефрема опущено (Откр. 7:6), но названо колено Иосифа. По мнению Р. Бокема, Манассия здесь замещает колено Дана, чтобы достичь символичность общего числа колен – 12. В святоотеческой экзегезе эпизод с предпочтением старшего Манассии младшему Ефрему рассматривается в чреде других сходных историй из Ветхого Завета, когда первородным сыновьям предпочитаются следующие за ними (например, Каин и Авель, Иафет и Сим, Измаил и Исаак, Исав и Иаков, Рувим и Иуда и т.д.).