В благословении двух братьев патриарх Иаков приоткрыл великую тайну: старший Манассия знаменует собой старший народ, т.е. хвалящихся законом иудеев. По мнению Ефрема Сирина, благословение Иаковом меньшего из братьев вместо старшего должно означать тайну будущего спасения языческих народов, в замысле которого Манассия предображает еврейский народ, – он будет умалён по сравнению с Ефремом, в то время как языческий народ будет возвеличен. Эта символика колена получает дальнейшее раскрытие: упомянутые во Втор. 33:17 «тьмы Ефремовы… тысячи Манассиины» становятся поводом для провозвестия того, что «Христос будет править и иудеями, и язычниками и в каждом народе обретёт Себе полноту Церкви». Крестообразное благословение (правая рука над левой) патриархом Иаковом Манассии и Ефрема предзнаменовало будущее благословение во Христе всех народов посредством его Крестной Жертвы. Особое место занимает истолкование имени Манассия. По мнению Кирилла Александрийского, оно означает «забвение случившихся зол» и указывает на язычников, пришедших в церковь и забывших прежнее зло и печаль. Амвросий Медиоланский на основании Быт. 41:51 считал, что это имя означает «из забвения» и указывает символически на то, что «народ иудейский забыл своего Бога, Который его сотворил (Втор. 32:18), так что каждый, кто из этого народа обретёт веру, как бы из забвения призывается». Значение имени Манассия получает аллегорическое истолкование у Максима Исповедника, полагавшего, что оно указывает на праведника, который достигает забвения «посредством трудов добродетели». Колена Рувима, Гада и половина колена Манассии, отказавшись, согласно Числ. 32:5, перейти Иордан из-за плодородных земель, служат символами тех верующих, кто, «будучи верными, при этом не ищут жительства в небесном отечестве, оставаясь занятыми преходящими делами». Согласно Андрею Критскому, имя колена Манассии, упомянутое среди 144 тыс. «запечатленных» праведников Ветхого Завета в «Апокалипсисе» (Откр. 7:6), означает непрестанную молитву, которой обозначаются те, кто прилепляются к Богу благодаря ей (на Откр. 7:6). Согласно раввинистической традиции, аннулирование прав Манассии на первородство в благословении патриарха Иакова отразилось на всей последующей судьбе представителей этого колена: даже потомки Ефрема правили перед представителями колена Манассии (например, Иисус Навин перед Гедеоном, Иеровоам перед Ииуем). В агадических сказаниях Манассия выступал как наиболее близкий помощник Иосифа. По просьбе отца он присматривал за остальными братьями в Египте и выступал переводчиком между братьями и Иосифом (Быт. 42:23), когда тот забыл родной язык в Египте. Именно Манассия был послан Иосифом в погоню за братьями, чтобы обвинить их в краже серебряного кубка. Будучи управляющим домом своего отца, Манассия отвечал за трапезу для братьев. Традиционным символом колена Манассии, возможно, изображённым на его знаменах (Числ. 2:18, 20), был буйвол (ср.: Втор. 33:17).