В 31 г. до н.э. кумранское поселение, по мнению исследователей, пострадало от землетрясения, было восстановлено при Ироде Архелае (4 г. до н.э. – 6 г. н.э.), во время первой Иудейской войны было сожжено и оставлено (июнь 68 г. н.э.), но руины иногда использовали римские воины и иудейские повстанцы. На стратиграфически почти однослойном поселении исследователи выделяют три периода. В первом Р. де Во видел краткий подпериод Iа (130/150 – 100 гг. до н.э.), практически без материала. Период расцвета Ib (150 г. до н.э. – начало I в. до н.э.) датирован многочисленными монетами и керамикой. Период II связан с реконструкцией поселения (около 4 г. до н.э. – 6 г. н.э.) и завершается захватом Кумрана римлянами летом 68 г. Период III – римский (до 70–80 гг. н.э.), за ним следует финальный период, когда произошло восстание – 132–135 гг. н.э. Радиоуглеродные даты (для кожи и льна) укладываются в эти интервалы (209/117 – 21 г. до н.э./61 г. н.э.). Основной материал, керамика (не раньше I в. до н.э.) и монеты, исследователи относят к поздним этапам существования Кумрана. По мнению исследователей, обычное аграрное поселение стало активно развиваться не раньше времени правления Габиния (57–55 гг. до н.э.) и активной строительной деятельности Ирода Великого в районе Мёртвого моря. За пять сезонов Р. де Во полностью (хотя довольно грубо, при помощи рабочих-бедуинов) раскопал застроенную часть Кумрана (протяжённость около 80 м (запад-восток) х 100 (север-юг) м, полезная площадь около 4500 кв. м), составив планиметрическую схему, которой, в основном, следуют до сих пор. Р. Де Во относил к древнейшему (довавилонскому) периоду (VIII – начало VI вв. до н.э.) следы стен прямоугольного здания с круглым водоёмом в центре внутреннего двора. Он счёл их остатками крепости израильтян, приняв во внимание немногочисленные фрагменты керамики, оттиск печати с типичной надписью «царское» и остракон с древнееврейскими буквами (в настоящее время многие археологи не считают возможным говорить об освоении Кумрана в раннем железном веке). Р. де Во допускал также, что Кумран стал одним из шести пустынных «городов» Иудеи, упомянутых в Библии (Нав. 15:61–62), а именно – Ир-Мелахом («Соляной город»). Кумран эпохи расцвета представлял собой единовременно возведённый, но перестраивавшийся комплекс сложно соотнесённых друг с другом комнат и залов, хранилищ и водоёмов, лестничных маршей и оград. И. Маген и Ю. Пелег реконструируют две части комплекса, возникшие в хасмонейский период. Комплекс разделён двором на западную (служебную) часть, с круглой цистерной, окружённой комнатами и конюшнями, и юго-восточную часть (так называемое главное здание), в состав которой входят квадратная в плане башня на северо-западе и центральный зал (или двор) с двумя колоннами, с четырёх сторон окружённый галереями. На втором этапе основные элементы комплекса сохранялись, но главная часть существенно расширилась к югу и юго-востоку: добавились большой приёмный зал (по мнению исследователей, служивший трапезной); соединённая с ним кладовая, где обнаружены более 1 тыс. сосудов, хранившихся в стопках; мастерские (в том числе гончарные); площадка для сушки и давления фиников и другие хозяйственные и производственные постройки.