Несмотря на то что исследователи неоднократно пытались доказать, что пещеры могли использовать как жилища, а не только в качестве укрытий или хранилищ – окончательно это подтвердить не удалось (при этом некоторые бытовые предметы в пещерах исследователи обнаруживают). К настоящему времени археология разрешила ряд вопросов, возникших в связи с открытием рукописей Мёртвого моря. Удалось доказать достаточную хронологическую близость существования поселения, кладбищ и ближайших пещер. Решена проблема подлинности рукописей, при раскопках в пещерах найдены фрагменты тех же свитков, которые были получены учёными от бедуинов. Установлена хронология текстов: неоднократно проводился радиокарбонный анализ находок на поселениях и кладбищах, а также рукописей и тканей, в которые они были завёрнуты (в 1991 г. был сделан независимый параллельный анализ лабораториями Цюриха и Тель-Авива; в 1994/1995 г. – анализ в университете Аризоны). Выводы поддержаны специалистами в области палеографии и графологии: в подавляющем большинстве тексты написаны во II–I вв. до н.э., хотя есть и более древние экземпляры. Доказан факт намеренного уничтожения части рукописей ещё в древности (исследователям полагают, что охотниками за трофеями, например, римлянами). Поселение и кладбища Кумрана отчасти утратили исключительный характер, они оказались связаны с культурной средой своей эпохи и с традициями (в том числе производственными) конкретного региона. Преодолена преследовавшая Ролана де Во иллюзия полной изолированности и затерянности Кумрана в пустыне. Исчезли представления о непрерывном существовании в Кумране одной и той же группы населения, появилась возможность говорить о трансформации в его составе. Но функциональная и смысловая интерпретация Кумрана по-прежнему вызывает споры. В 1948 г. Элеазар Липа Сукеник (Еврейский университет, Иерусалим) предположил, что поселение, кладбища и пещеры – комплекс, связанный с одной из сект иудаизма, вероятно, с ессеями (известными по сообщениям античных источников). Идею поддержал Р. де Во, который обосновывал связь кумранского поселения с местом находок рукописей, прежде всего, их топографической близостью. По его убеждению, плато Кумрана было единственным местом между Эйн-Геди и северным берегом Мёртвого моря, которое можно идентифицировать с поселением общины ессеев, локализованной здесь Плинием. Монах-доминиканец Р. де Во видел в Кумране подобие монастыря. Тщательно построенные и обильные водохранилища он называл бассейнами для ритуальных очистительных омовений; большие залы для собраний – типичными монастырскими приёмными и трапезными; кладбище – общим некрополем сектантов, тела которых свозили сюда и из других поселений; половозрастное деление кладбища Р. де Во интерпретировал как признак сохранения целибата (известного из сообщения Плиния и подтверждаемого, по мнению Р. де Во, отсутствием предписаний о женщинах в кумранском «Уставе общины»); одно из помещений он трактовал как «скрипторий»; в окрестных пещерах де Р. Во видел хранилища, где ессеи держали готовые рукописи и материалы для их производства.