Отдельные исследователи называют другие причины упадка первого царства Эблы: Джованни Петтинато – завоевание Эаннатумом из Лагаша или Лугальзагеси из Уммы, Альфонсо Арчи и Мария Бига – агрессию со стороны марийцев, мстивших за недавний разгром, Майкл Астур – естественную катастрофу (отчёт аккадцев о разгроме Иблу он связывает с другим городом на территории современного Ирака). Как свидетельствуют записи третьей династии Ура, Эбла была вскоре отстроена («Мардих IIB2»). Второе царство Эблы управлялось новой местной династией, которая поддерживала с предшествовавшей преемственность, проявлявшуюся также в архитектуре и почитании религиозных святилищ. Из-за нехватки обнаруженных собственных записей и материальных сведений, исследователям приходится полагаться на упоминания Эблы в источниках её соседей. Так, Гудеа из Лагаша просит доставить кедры с «гор Эблы» близ Уршу, откуда исследователи сделали вывод, что эта территория в современной Турции к северу от Каркемиша находилась под властью эблаитов. Тексты, датируемые седьмым годом правления урского царя Амар-Суэна (около 2040 г. до н.э.), упоминают посланника энси («мегума») Эблы. Последняя в то время приносила дань Уру, хотя характер вассальной зависимости исследователям до конца не ясен. Вторая Эбла тоже была разрушена огнём (между 2050 и 1950 гг. до н.э.). Майкл Астур считает это следствием хурритского вторжения около 2030 г. до н.э., которое могли возглавить бывшие эблаитские вассалы из не известного исследователям города Икинкалиса. Уничтожение Эблы упоминается в хетто-хурритской эпической «Песни об освобождении из плена», открытой в 1983 г. В ней эблаитское собрание, возглавляемое человеком по имени «Зазалла», не позволяет царю Меки помиловать пленников из Икинкалиса, что вызывает гнев хурритского бога грозы Тешуба, разрушающего город. Падение коренной династии в Эбле позволило аморейским племенам заселить опустевший город. Они основали здесь свою династию и заново отстроили дворец и храмы. В период «А» Третьей Эблы (около 2000 – 1800 гг. до н.э.) город был планомерно восстановлен, а в период «B» (около 1800 – 1600 гг. до н.э.) расширен. Однако город уже никогда больше не поднимался до уровня, сравнимого с периодом его наивысшего расцвета в XXIV в. до н.э. Это последнее, третье царство Эблы, было союзником государства Ямхад (с центром в Алеппо). В правление ямхадского царя Ярим-Лима III Эбла ещё была от него в вассальной зависимости. Город также упоминался в записях из Алалах, также зависевшего от Ямхада: эблаитская принцесса вышла за сына алалахского царя Аммитакума. Одним из правителей Эблы этого периода был Иммее, получивший от египетского фараона Хотепибре подарок – церемониальную булаву, найденную внутри так называемой «Гробницы повелителя коз». Эблаитское царство было окончательно разгромлено хеттским царём Мурсили I около 1600 г. до н.э. Окончательное разрушение Эблы исследователи относят к XVII в. до н.э., т.е. ко времени, когда большинство государств Ближнего Востока оказалось под властью касситов, вторгшихся на территорию Месопотамии и соседних с ней регионов из горных районов Загроса. Последующие четыре поселения на территории Эблы – «Мардих IV» (1600–1200 гг. до н.э.), «Мардих V» (до 535 г. до н.э.), «Мардих VI» (до 60 г. н.э.) и «Мардих VII» (III–VII вв. н.э.) – оставались небольшими деревушками.