Когда подошёл Афшин, халиф посадил его вблизи себя на почётное место. Затем подвели к трону Бабека. У Бабека был палач по имени Нуднуд. В столицу Афшин привёз его вместе с другими пленными. Ему и поручил Мутасим казнь Бабека и его брата Абдаллаха. С Бабека снимают одежду и раздевают догола. После этого палач отрубает ему правую руку и ударяет этой рукой несколько раз Бабека по лицу, то же делает с левой рукой. Затем палач отрубает ему обе ноги. Потом ему вспарывают живот и только после этого ему отрубают голову». Туловище Бабека прибивают к кресту и выставляют на окраине Самарры. Это место носило название «Крест Бабека» даже после того, как город был заброшен. Голову Бабека выставили в Багдаде на главном мосту, а затем отправили в Хорасан для устрашения готовых к восстанию жителей. Полководец Афшин, победивший Бабека, находился на вершине славы. В его честь писали стихи лучшие поэты, от халифа он получил вознаграждение в два миллиона дирхемов. Но возвышение Афшина пугает халифа и его окружение, его обвиняют в тайных связях с Бабеком и в «сепаратизме» и идолопоклонстве (Афшин был перешедший в ислам зороастриец). Афшина судят, но казнить боятся из-за его большой популярности в народе и армии, и он умирает так называемой «естественной» смертью в тюрьме, от голода и жажды. Начиная с 1940 гг. в Азербайджане Бабек считается национальным героем – борцом за «национальную свободу» азербайджанцев. Как отмечают Сергей Румянцев и Ильхам Аббасов, такая трактовка образа Бабека представляет собой результат идеологического мероприятия по конструированию «национального героя», хотя сам Бабек к азербайджанцам, идентичность которых определяется религией (ислам) и этничностью (тюркизм), не имеет никакого отношения. До конца 1930 гг. не существовало утверждений, как-то соотносящих Бабека с современным Азербайджаном и азербайджанцами. Так, ещё в 1936 г. первый автор книги о Бабеке (в серии ЖЗЛ), известный востоковед Михаил Томара, описывает его (в духе времени) как вождя классового восстания, но при этом именно иранского; локализуя же место этого восстания, поясняет в примечании смысл хоронима: «Азербайджан. Провинция халифата, которая соответствует провинции современного Ирана того же названия. Азербайджанская ССР не входила в прежний Азербайджан». Однако, согласно Виктору Александровичу Шнирельману, с конца 1930 гг. начинается усиленная «азербайджанизация» исторических деятелей и государственных образований, существовавших на территории Азербайджана. По мнению ряда учёных, это происходило в контексте общей политики «советского национализма», которая заключалась, в частности, в изобретении «Великих Традиций» для советских республик.