Последние годы жизни Жан Жерсон посвятил воспитанию и религиозному образованию детей. Являясь одним из лидеров Соборного движения, принимал активное участие в преодолении схизмы в католической церкви и восстановлении церковного единства, что нашло отражение в тематике некоторых его сочинений: «De modo se habendi tempore schismatis» («О том, как следует себя вести во время схизмы», 1401 г.), «De jurisdictione spirituali et temporali» («О духовной и мирской юрисдикции», 1405 г.), «De Unitate ecclesiatica» («О церковном единстве», 1409 г.), «De auferbilitate papae ab Ecclesia» («О праве Церкви смещать папу», 1409 г.), «De potestate ecclesiastica et origine juris» («О церковной власти и об источнике права», 1417 г.). В 1398 г. в трактате «De restitutione obedientiae» («О восстановлении повиновения») Жан Жерсон предложил добровольное отречение от папского престола обоих конкурирующих пап (via compromissionis) как способ прекратить церковную схизму. Отстаивая легитимность Пизанского собора (1409 г.), Жан Жерсон адресовал его участникам трактат «De Unitate ecclesiatica», где провозгласил принцип верховенства Собора над папой. Поддерживал избрание Собором папы Александра V, что, однако, привело не к разрешению конфликта, а к увеличению числа конкурирующих понтификов. На Констанцском соборе Жан Жерсон был одним из самых влиятельных людей, выступал по всем обсуждаемым вопросам (его называли «душой» Собора). После бегства 20 марта 1415 г. антипапы Иоанна XXIII, по инициативе которого и был созван Собор, Жан Жерсон в речи 23 марта 1415 г. отстаивал каноническое право Собора на самостоятельное проведение заседаний без необходимости их одобрения папским престолом. Внёс вклад в реорганизацию университетского преподавания, составил план кардинального изменения системы образования на богословском факультете – «Epistola de reformatione theologiae» («Записка о реформе теологического образования», 1 апреля 1400 г.). В этом и других произведениях (например, «Epistola ad studentes collegii Navarrae», 1402 г.; «Lectiones duae contra vanam curiositatem in negotio fidei», 1402 г.) Жан Жерсон не только резко критикует упадочное состояние нравов преподавателей и студентов Парижского университета, но выступает против деградации схоластической науки, что ведёт, по его мнению, к её вырождению в бесплодные, оторванные от реальности споры о метафизических абстракциях. Констатируя иссушение душ и выхолащивание умов преподавателей и студентов, когда они уже не отличают главного от второстепенного, источник от комментария, а превыше всего ценят свои метафизические построения, Жан Жерсон предлагал отменить ненужные предметы, возбуждающие пустое любопытство, сделав образование более осмысленным и религиозным.