Последние руководители Запорожской Сечи были сосланы: писарь Иван Яковлевич Глоба – в Туруханск, судья Павел Андреевич Головатый – в Тобольск, 85-летний кошевой атаман Пётр Иванович Калнышевский – в Соловецкий в честь Преображения Господня мужской монастырь. В 1787 г. запорожцы были расселены в пограничных районах на реке Южный Буг, где было создано Черноморское казачье войско, в 1793 г. переселившееся на Кубань. Бежавшие от российской администрации запорожцы с разрешения турецкого султана Абдул-Хамида I поселились сначала в устье Дуная, на левом, затем на правом берегу. Задунайская Сечь была полной копией Запорожской Сечи. Главным условием пребывания запорожцев в Добрудже, на территории Османской империи, была их служба султану. 18 мая 1828 г., во время новой Русско-турецкой войны, под Измаилом запорожцы во главе с последним кошевым атаманом Осипом (Йосипом) Михайловичем Гладким перешли на сторону России. В качестве мести турецкие войска полностью уничтожили Сечь и жестоко расправились с теми из казаков, кто не успели переправиться через Дунай. В 1831 г. по указу императора Николая I вернувшиеся на родину запорожцы поселились на северном побережье Азовского моря и создали Азовское казачье войско. До 1853 г. его возглавлял О.М. Гладкий, который вышел в отставку в чине генерал-майора. 11 октября 1864 г. указом императора Александра II Азовское казачье войско было ликвидировано. Рядовые казаки были переведены в крестьянское сословие, а старшине пожаловано дворянство. Яркой чертой запорожского казачества исследователи считают его религиозность. С конца XVI в. условиями приёма в казаки были принадлежность к православной церкви, обязательство её защиты. Отступление от православия считалось одним из самых тяжких преступлений и каралось смертной казнью. Иностранцы отмечали, что запорожцы очень строго соблюдают посты. Казачество, реестровое и нереестровое, сыграло решающую роль в защите православия на территории Речи Посполитой в ХVI–ХVII вв. Одновременно в Запорожской Сечи проявилось взаимовлияние церковного и казацкого права. Хотя в церковном отношении Запорожская Сечь подчинялась Киевскому митрополиту, а с конца ХVII в. Московскому патриарху, её зависимость от церковной иерархии была слабой. Архиерей не мог поставить запорожцам священнослужителя, если казаки были против. Клирики получали разрешение на служение в храмах Запорожской Сечи у начальника кошевых церквей (по крайней мере, до 1734 г., когда это право было ликвидировано Киевским митрополитом). Священнослужители приносили присягу на верность Запорожской Сечи. Обязательной была выборность белого духовенства. При каждом курене Запорожской Сечи существовали куренные дьяки, в обязанности которых входило наблюдение за моральным состоянием казаков. Первоначальным духовным центром Запорожской Сечи был Самарский Пустынный во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь, расположенный на острове, который образуют реки Старая и Новая Самара (близ современного Новомосковска). Деревянная церковь на этом месте была построена во второй половине XVI в., в 1602 г. при ней устроился монастырь, в 1650 гг., во время Русско-польской войны, он был разрушен. В марте 1659 г. на войсковой раде было принято решение о строительстве в крепости на Чертомлыке церкви, которая в том же году была окончена и освящена в честь Покрова Пресвятой Богородицы. При церкви действовала школа, где училось от 30 до 100 детей.