В 1672–1686 гг. запорожские кошевые атаманы вели переписку с Межигорским в честь Преображения Господня мужским монастырём о духовном окормлении Сечи, в частности, о приписке сечевой Покровской церкви к Межигорскому монастырю. 4 октября 1683 г. универсалом войсковой рады было определено, что в Покровской церкви Запорожской Сечи имеют право служить только священники из Межигорской обители. Настоятель церкви был одновременно начальником кошевых церквей Запорожской Сечи. В Межигорском монастыре запорожцы жили как паломники, послушники или в монастырской богадельне, часто принимали там постриг. В 1686–1687 гг. Киевский митрополит Гедеон (Святополк-Четвертинский) сделал попытку установить свою власть над главным казачьим храмом, но потерпел поражение: по просьбе властей Межигорского монастыря патриарх Иоаким двумя грамотами (1687 и 1688 гг.) даровал обители ставропигию и сохранил её права в отношении Запорожской Сечи. Статус монастыря был подтверждён грамотой царя Петра I от 12 мая 1698 г. В 1708 г. запорожцы прекратили отношения с Межигорским монастырём, т.к. его наместник (впоследствии архимандрит) Иродион (Жураковский) пытался убедить казаков не поддерживать И.С. Мазепу. Несмотря на разрыв отношений, исследователям известны случаи паломничества запорожцев в Межигорскую обитель в 1709–1734 гг., это исследователи объясняют тем, что турецкие власти запрещали казакам строить на своей территории православные храмы. В 1734 г., после возвращения запорожцев на родину, связь Сечи с Межигорским монастырём была восстановлена, но уже не такая крепкая, как прежде. В 1740 гг. упрочилась власть Киевского архиерея над Запорожской Сечью. Киевский митрополит Рафаил (Заборовский; 1731–1747 гг.) рукополагал и судил священнослужителей Запорожской Сечи, давал разрешения на постройку храмов, выдавал антиминсы и др. В 1740–1770 гг. на территории Запорожской Сечи находилось одновременно от 5 до 23 межигорских монахов, они служили в самой Сечи или направлялись в походные церкви и военные команды. Монахи приезжали из Межигорского монастыря посменно (одна команда сменяла другую). Около половины дохода Межигорская обитель получала из Запорожской Сечи. В 1774 г. Межигорский монастырь окончательно потерял право духовной опеки над Запорожской Сечью, которая полностью перешла в прямую юрисдикцию Киевского митрополита Гавриила (Кременецкого). В 1776 г. к ставропигиальному Межигорскому монастырю была приписана Самарская Пустынно-Николаевская обитель, восстановленная в 1672 г. На землях Запорожской Сечи в ХVIII в. действовало не меньше 62 церквей (включая походные). Во второй половине 1730 гг. украинское духовенство получило возможность посещать Запорожскую Сечь, такие поездки, как правило, были связаны со сбором «милостыни». Украинские монастыри активно занимались торговлей с Запорожской Сечью. Так, в 1750–1760 гг. монахи Мошногорского Вознесенского монастыря доставляли сюда свои товары, увозя в обитель вино, соль, рыбу и т.п. Запорожская Сечь поддерживала связи с большинством обителей Киева и всей Украины (в том числе и Правобережной), а также Молдавии и Греции. На землях Запорожской Сечи часто встречались «бродячие попы». Запорожцы принимали активное участие в церковном строительстве на территории всей Украины, например, за счёт кошевого атамана П.И. Калнышевского в Ромнах в 1764–1772 гг. была сооружена Покровская церковь, казак Я. Щербина лично руководил закладкой в 1765 г. и последующим строительством Благовещенской церкви в Золотоношском женском монастыре.