Большинство миссионерских станов перешли в разряд приходских церквей, но по-прежнему именовались станами. Став кафедральным архиереем, епископ Георгий продолжал заботиться о миссии. 20 августа 1905 г. по инициативе Забайкальского епископа Мефодия (Герасимова) должность начальника Забайкальской духовной миссии была восстановлена, её занял священник Епифаний Кузнецов (см. Ефрем, епископ Селенгинский). В новой инструкции начальнику вменялось «просвещение новокрещёных инородцев, стоящих на низкой ступени как духовного, религиозно-нравственного и умственного, так и внешне культурного развития». Главными средствами просвещения признавались школа и миссионерская литература. В 1895 г. в Забайкальской епархии числились 400 147 православных, 164 780 ламаистов, 40 860 старообрядцев, 6181 иудей, 5941 «язычник», 1914 мусульман и т.д. В 1911 г. православных было около 70%, буддистов (в том числе ламаистов) – 21, старообрядцев – 6,4, иудеев – 1,7, мусульман, католиков, лютеран, шаманистов вместе – около 1%, также было незначительное число последователей новых сект и протестантских течений. Епископ Георгий и его преемники занялись открытием новых миссионерских станов: в начале ХХ в. их общее число в Забайкалье достигло 41. Строились новые храмы, часовни и молитвенные дома, основывались новые монастыри. В 1911 г. была создана Мысовская Успенская женская община, в 1917 г. преобразованная в монастырь; в 1915 г. – Селенгинский Спасский мужской монастырь (переведён из Чикойского Иоанно-Предтеченского монастыря). В 1911 г. Синод принял определение об открытии мужского монастыря на базе Иргенского миссионерского стана, однако из-за нехватки земли он не был создан. Увеличивалось число священно- и церковнослужителей и миссионеров в епархии. Кадры высшего звена готовились в Казанской духовной академии, где было специальное монголо-бурятское отделение. Священников и миссионеров обучали в Иркутской духовной семинарии, Нерчинском духовном училище (в 1900 г. переведено в Читу), открыть духовную семинарию в Чите удалось лишь в 1917 г. В читинском миссионерском училище помимо курса церковноприходских школ преподавались методы миссионерской работы, бурятский язык. В 1903 г. совет училища возглавлял священник Е. Кузнецов, в том же году для училища построили двухэтажное каменное здание на территории архиерейского подворья. В 1903–1904 гг. училище было преобразовано в четырёхклассное и из начальной школы превратилось в низшее учебное заведение Ведомства православного вероисповедания. При нём действовала образцовая школа с одноклассной церковноприходской программой. В 1907 г. для училища было выстроено отдельное здание. Кроме того, существовали женские учебные заведения, в которых обучались бурятки: Забайкальское епархиальное женское училище, Иркутское училище девиц духовного ведомства, училища при иркутском в честь иконы Божьей Матери «Знамение» монастыре и при читинской женской Богородицкой общине. С 1880 гг. открывалось большое количество церковноприходских школ, где обучались «инородцы», в том числе дети из семей ламаистов и шаманистов. В духовно-учебных заведениях было подготовлено немало священников и миссионеров из числа бурят.