В 1822 г. из Заиконоспасского московского монастыря в Высокопетровский монастырь было переведено духовное училище, с 1860 гг. благодаря деятельности митрополита Филарета (Дроздова) монастырь стал крупным центром духовного просвещения, в нём размещалось организованное им Общество любителей духовного просвещения, богатейшая библиотека. Настоятелями Высокопетровского монастыря были духовные писатели архимандрит Григорий (Воинов), архимандрит Никифор (Бажанов), а также будущие архиереи епископ Иосиф (Римский-Корсаков), архиепископ Серский Леонид, епископ Устюжский Сергий (Белоградский), епископ Иоасаф (Хотунцевский), епископ Вологодский Иосиф (Золотой), архиепископ Лаврентий (Бакшевский), митрополит Никанор (Клеменьевский), архиепископ Смарагд (Крыжановский), архиепископ Евсевий (Орлинский), митрополит Филофей (Успенский), епископ Евгений (Сахаров-Платонов), митрополит Сергий (Ляпидевский). С 1862 г. Высокопетровским монастырём управлял Можайский епископ Савва (Тихомиров), с 1866 г. – Можайский  епископ Игнатий (Рождественский). В 1875 г. в Высокопетровском монастыре принял постриг схиархимандрит Гавриил (Зырянов). В одном из храмов монастыря Михаил Васильевич Нестеров написал портрет архиепископа Антония (Храповицкого; Третьяковская галерея). В ризнице Высокопетровского монастыря хранились три Евангелия XVII в., богатейшие вклады Нарышкиных (церковная утварь, облачения), имущество их политических противников, в том числе принадлежавший раньше князю Василию Васильевичу Голицыну портрет патриарха Никона, выполненный мастером Оружейной палаты (Исторический музей). Среди святынь монастыря были серебряные кресты с частицами Креста Господня, камня от Гроба Господня, мощей великомучеников Феодора Стратилата, Пантелеимона, Иоанна Воина, Московского митрополита Алексия, преподобных Анастасия Синаита, Григория Декаполита, почитаемые списки с Боголюбской, Владимирской, Толгской икон Божьей Матери, копия 1701 г. с Влахернской иконы, образ святителя Петра с частицей мощей. В 1849 г. митрополит Филарет (Дроздов) передал в Высокопетровский монастырь чудотворный список с Казанской иконы Божьей Матери, который зимой хранился в Сергиевской церкви, летом в Боголюбском храме. В 1905 г. в св. воротах была устроена часовня в честь Казанской иконы Божьей Матери, в которой постоянно читался акафист Божьей Матери. В начале XX в. в Высокопетровском монастыре проживали 15 насельников. В 1910 г. монастырь получал казённую субсидию 1249 руб. в год, в 1916 г. капитал монастыря составлял 116 194 руб. Высокопетровский монастырь построил трёхэтажный доходный дом на углу улицы Петровки и Петровского бульвара. В 1919 г. монастырь был закрыт, его территория передана Историческому музею, помещения сдавались в пользование различным учреждениям, братские корпуса и надвратная церковь во имя Пахомия Великого были заняты под жильё.