Кокошники постаментов и аркатурные пояски на барабанах также аналогичны декору Боголюбской церкви. В 1680 гг. были сооружены св. ворота с трёхарочным проездом и гульбищем над ним, украшенные спаренными колоннами, установленными на пьедесталы, и поясом из квадратных филёнок и декоративных миниатюрных пилястр. По документам первой половины XVIII в., ворота были «расписаны живописным письмом». По указу императора Петра I в память Ивана и Афанасия Нарышкиных над воротами была построена небольшая церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы и над ней двухъярусная колокольня (1690–1694 гг.). Квадратная в плане, перекрытая сомкнутым сводом церковь украшена по углам тройными колоннами, окна обрамлены наличниками в виде колонок, с разорванными фронтонами. Колокольня, состоящая из двух восьмериков с арочными проёмами, декорирована пилястрами, завершающимися фиалами на кровле, филёнками, увенчана небольшой главкой. В 1680–1690 гг. были построены корпуса настоятельских и братских келий, включившие нижнюю часть палаты городской усадьбы Нарышкиных; монастырь был огорожен крепостной стеной из кирпича. Для работ, которые финансировались из государственной казны, привлекались наиболее квалифицированные мастера Оружейной палаты. Интерьеры храмов отличались богатством и пышностью, значительная часть иконописных работ выполнялась учениками Симона Ушакова. Церковь в честь Толгской иконы Божьей Матери (1744–1750 гг., архитектор Иван Фёдорович Мичурин?) в стиле барокко – прямоугольная в плане, бесстолпная, с пятигранной апсидой. Западный фасад храма выходит на улицу, вход расположен с северной стороны. Стены снаружи декорированы сдвоенными пилястрами; единственная главка, смещённая в сторону апсиды, прорезана узкими окнами и украшена волютами. В 1753–1755 гг. на хозяйственном дворе, на основании ворот усадьбы Нарышкиных, была сооружена кирпичная барочная церковь во имя Пахомия Великого (архитектор школы Дмитрия Васильевича Ухтомского), представляющая собой восьмерик на четверике, перекрытый сомкнутым восьмилотковым сводом и увенчанный декоративной главкой, с сильно выступающей пятигранной апсидой. Церковь поставлена на открытом гульбище, объединяющем храм с кельями, и украшена усложненными пилястрами, треугольными фронтонами над входами, тонко прорисованными наличниками окон с лучковыми фронтонами, декоративными глухими нишами и окнами с барочным обрамлением на гранях восьмерика. Перестройки начала XIX в. нарушили единство архитектурного комплекса монастыря: к Боголюбской церкви был пристроен притвор, разобраны паперти-галереи Сергиевской и Боголюбской церквей, засыпана круглая паперть собора святителя Петра (к 2005 г. восстановлена). В 1952–1961, 1979–1986 гг. под руководством Бориса Прокофьевича Дедушенко и Леонида Андреевича Беляева в Высокопетровском монастыре проводились масштабные реставрационно-археологические работы и натурные исследования, результатом которых стало восстановление большинства памятников в их первоначальном виде.