Автор Послания полемизирует с теми, кто оправдывал еврейское обрезание и называл Иисуса «сыном Давида». «Послание апостола Варнавы» состоит из введения, первой части – вероучительной, связанной с истолкованием иудейского закона и пророков в новом, «пневматологическом», смысле, переходного текста, второй части – назидательной, аллегорической проповеди и заключения. Глава 17 заканчивает некое целостное повествование, с главы 18 начинается новое. Сообщив в первой части «знание и учение», во второй автор по-другому излагает то же самое. Исследователи находят манеру изложения весьма своеобразной, запутанной и прерывистой, допускающей противоречащие друг другу места; она вызывала попытки (ранее частые, ныне единичные) реконструировать некий первоначальный текст, который в дальнейшем подвергся переработкам. Последняя реконструкция, предпринятая Е. Робиларом, основана на следующей схеме возникновения «Послания апостола Варнавы»: создание исполненного надеждами на Второе Пришествие Христово иудео-христианского текста, автором которого мог быть сам апостол Варнава; переработка этого текста между 90 и 115 гг. под влиянием гностицизма и иудео-эллинизма; окончательное формирование текста Послания антииудейской направленности около 130 г. Однако языковое единство и, прежде всего, однотипность переходов между отдельными темами указывают на однородность и первоначальное единство текста. Богословский метод Послания исследователи характеризуют как сочетание гностицизма и аллегоризма. По словам Ивана Васильевича Попова, «автор относится с полным отрицанием к букве Ветхого Завета и признаёт его буквальное понимание делом сатаны. Эта точка зрения близко соприкасается с гностицизмом». Интерпретация Ветхого Завета, направленная на поиск в нём текстов, в которых через толкование «в духе» исследователи вычитывают предсказания о воплощении Сына Божия, определяют и богословие «Послания апостола Варнавы». Доминирующая роль интерпретации Священного Писания очевидна в более объёмной первой части. Однако учение о двух путях во второй части также строится на основе Священного Писания, при этом методы его толкования применяются самые различные: от типологически-исторического, обычного для иудейской традиции, до аллегорического, свойственного александрийской школе. Выбранное слово из Священного Писания, рассмотренное как некий отпечаток Божественного, его «тип», даёт исследователям ключ к объяснению остальных слов. Обычная вещь является знаком определённого события. Так, «дерево» означает распятие Иисуса Христа, «вода» – Крещение, «красная шерсть» указывает на искупительные страдания Иисуса Христа. «Земля, где течёт молоко и мёд», – это не Палестина, а Иисус Христос: «земля» означает человека (поскольку человек создан из земли), а «молоко и мёд» – христианскую веру. «Обрезание» – это не еврейский обряд, а «обрезание сердца» посредством слушания проповедей и веры; о «новом обрезании» говорит и Тертуллиан.