Полностью освобождённое от истории народа Израиля Священное Писание превращается в «чистый текст». Его вневременный смысл не поняли иудеи, которые «пребывают во тьме, так как не услышали глас Господа» из-за того, что «злой ангел запутывал их». Христиане слышат и понимают «глас Господа» правильно, т.к. Бог духовно «обрезал их сердца и уши», что подтверждается цитатами из Ветхого Завета. Подобными цитатами обосновывается и ничтожность ритуальных и культовых учреждений иудеев. Таким образом, автор показывает, что тщетность и ничтожность иудейской религии обнаруживается не с момента явления Спасителя в мир, но существует изначально. Евреи всегда вели себя фальшиво по отношению к Священному Писанию, они не могли понимать его иначе, чем теперь понимают его христиане, в частности, в отношении жертвы и поста, обрезания, субботы, храма. Христология играет в «Послании апостола Варнавы» особую роль. Автор, по мнению исследователей, – единственный из апостольских отцов, кто отождествил Христа с искупительной жертвой Ветхого Завета – с козлом отпущения (ср.: Лев. 16:5–10) и с жертвенным тельцом (ср.: Ис. 53:7). Он подчёркивает, что Христос является Сыном Божьим, и, что характерно для гностицизма, отрицает человеческую природу Христа. Иисус для него «не сын человеческий, но Сын Божий, явленный прообразно во плоти», Который «в нас пророчествует и в нас живёт». Бог Отец «говорит Сыну: Сотворим по образу и подобию Нашему человека... Это (сказано) к Сыну» (ср.: Быт. 1:26.). Множественное число местоимения «Нашему» при передаче этой цитаты из книги Бытие здесь впервые трактуется как обращение Бога Отца к Сыну. Воплощение Сына объясняется в «Послании апостола Варнавы» через идею необходимости посредника между Богом и тварью, т.к. если бы Сын Божий не явился во плоти, то люди не могли быть спасены, ибо они не могут созерцать Божество, как не могут взирать на солнце, сотворённое Богом. Понимание Христа как нового законодателя закрепляется в традиции и встречается далее, например, у Иустина и Оригена. Образ двух путей как метафора для противопоставления порочной и добродетельной жизни известен в античной и раннехристианской литературе. Одинаковое начало текста в «Дидахе» и «Послании апостола Варнавы»: «Есть два пути, путь жизни и путь смерти, и между двумя путями огромное различие» – позволяет исследователям предположить общий источник, который, по их мнению, восходит к иудейской литературе (ср.: Иер. 21:8; Пс. 161; Притч. 2:12–15; Сир. 21) и правилам кумранской общины. Схожие метафоры можно обнаружить в Новом Завете (ср.: Мф. 7:13–14; 1 Фес. 5:4; 2 Кор. 6:14; Рим. 13:12; Еф. 5:8–11) и у Игнатия Богоносца. Дьявол именуется «чёрным», «путь чёрного» есть «путь вечной смерти и наказания». Очевидный дуализм учения о двух путях также может свидетельствовать о значительном влиянии гностицизма на автора Послания.