Тем не менее, богослужение в Никее, как и богослужение в Малой Азии в целом, не воспроизводило константинопольское богослужение предшествующего периода, несмотря на преемственность византийской государственной и церковно-административной традиций. Основным богослужебным уставом в Малой Азии в первой половине XIII в. был Иерусалимский устав, однако его использование не вносило принципиальных изменений в совершение богослужения в кафедральных соборах и монастырях Малой Азии, т.к. в основе Иерусалимского устава лежала первая (константинопольская) редакция Студийского Синаксаря, которая использовалась и в Малой Азии. Различия же между этими богослужебными уставами состояли, главным образом, в наличии или же отсутствии палестинского всенощного бдения, а также в незначительных расхождениях в памятях святых и гимнографических текстах. Возобновление византийского богослужения в Святой Софии и в константинопольских монастырях в 1261 г. не сопровождалось реставрацией литургической традиции послеиконоборческого периода, прерванной в 1204 г. Новое богослужение во многом находилось под влиянием богослужебных обычаев Никейской империи, определявшихся Иерусалимским уставом. Именно этот устав стал регламентировать богослужение в константинопольских монастырях, в том числе и в Студийском. Существенные изменения произошли и в богослужении Святой Софии, где монастырское богослужение полностью вытеснило особый строй суточного круга и структурообразующие элементы древнего кафедрального обряда. Поэтому в константинопольском богослужении так быстро был принят Устав Божественной литургии, составленный Константинопольским патриархом Филофеем Коккином в 1344–1347 гг., когда он ещё был игуменом афонской Великой Лавры. Существенную часть этого текста составляло подробное описание совершения проскомидии, получившей окончательную интерпретацию в своих молитвословиях. Тогда же патриарх Филофей составил и Устав священнослужения, регламентировавший совершение служб суточного круга, и, прежде всего, совершение всенощного бдения, согласно Иерусалимскому уставу. И только в богослужении кафедрального собора в Фессалонике ещё в начале XV в. сохранялось «песненное последование», восходившее по своей структуре к древнему византийскому кафедральному обряду. Распространение Иерусалимского устава сопровождалось как внесением различных дополнений в существующие редакции этого текста, так и появлением новых редакций; в одну из них, например, были внесены различия в совершении служб суточного круга богослужения между келлиотскими и киновиальными монастырями.