В.А. Виссер’т Хоофт внёс вклад и в создание «Декларации о мире во всём мире и о принципах послевоенных взаимоотношений», подписанной 7 октября 1943 г. представителями различных религиозных конфессий. После окончания Второй мировой войны В.А. Виссер’т Хоофт продолжил работу по созданию ВСЦ. 22 августа 1948 г. в Амстердаме открылась первая Ассамблея ВСЦ, на которой Дж. Мотт был избран почётным президентом, а В.А. Виссер’т Хоофт был утверждён генеральным секретарём. В состав ВСЦ вошли 147 церквей и религиозных объединений из 44 стран мира. В.А. Виссер’т Хоофт объяснял, что «символом ВСЦ является лодка, не очень отличающаяся от рыбацкой лодки святого апостола Петра на Галилейском море. У лодки одна мачта и на мачте – поперечная перекладина, которые образуют крест. Никогда раньше в истории христиане стольких различных исповеданий не собирались вместе в одной лодке». В ноябре 1949 г. В.А. Виссер’т Хоофт посетил Бангкок (Таиланд), где возглавил экуменическую конференцию христианских церквей Восточной Азии. В 1951 г. участвовал в праздновании 1900-летнего юбилея прибытия апостола Павла в Грецию. В том же году предпринял поездку на Ближний Восток, чтобы помочь в урегулировании проблемы палестинских беженцев. После конференции в Бейруте побывал в Израиле, где встретился с еврейским религиозным философом Мартином Бубером, выступившим против арабско-еврейского конфликта и антигуманных действий по отношению к палестинским арабам. В начале 1950 гг. перед В.А. Виссер’том Хоофтом и ВСЦ встала новая проблема: на сессиях ЦК ВСЦ в июле 1950 г. в городе Торонто (Канада) и в августе 1951 г. в городе Роль (Швейцария) представители некоторых западных церквей в условиях «холодной войны» стали выдвигать свои политические требования. По инициативе В.А. Виссер’та Хоофта была разработана и принята декларация «Церковь, Церкви и Всемирный Совет Церквей», в которой говорилось о том, что ни одна церковь не обязана менять свою экклезиологию для того, чтобы быть членом ВСЦ, где есть место всем, кто готов участвовать в экуменическом диалоге. Выступая на сессии ЦК ВСЦ в Лакнау (Индия; 1952 г.), В.А. Виссер’т Хоофт упомянул и об искажении христианской надежды, которую нередко смешивают с материальным прогрессом и с победой, пытаясь связать с этим понятием чисто земные, в частности, социально-политические, интересы и цели. В сентябре 1955 г. в Стамбуле произошли волнения, в результате которых пострадали члены греческой общины, православные храмы, школы и госпитали. Враждебные по отношению к христианам акции значительно осложнили положение Константинопольского патриарха Афинагора (1948–1972 гг.). В 1956 г. встал вопрос о его переезде в Женеву. По инициативе В.А. Виссер’та Хоофта Комиссия Церквей по международным делам (КЦМД) ВСЦ предприняла шаги на высоком международном уровне, чтобы нормализовать положение.