С этой целью В.А. Виссер’т Хоофт вместе с председателем КЦМД К. Граббом и директором Комиссии О. Нольде (США) посетили Грецию и Турцию, добившись урегулирования проблемы. В конце 1950 – начале 1960 гг. В.А. Виссер’т Хоофт столкнулся с обвинениями в том, что в недрах экуменического движения создаётся модель некой «сверх-Церкви», которая неизбежно будет усвоена ВСЦ. В ответ В.А. Виссер’т Хоофт выступил со статьёй «Сверх-Церковь и экуменическое движение», в которой заявил, что нельзя исключить возможность появления таких взглядов и предложил ряд мер по их предотвращению: ВСЦ должен разъяснить церквам-членам, что окончательное решение любого вопроса принадлежит им самим, а не ВСЦ. В свою очередь, ВСЦ не должен принимать никаких решений в ущерб церквам, находящимся в меньшинстве при обсуждении каких-либо вопросов. По уставу ВСЦ руководящие посты в его аппарате могут занимать лица не старше 65 лет, поэтому В.А. Виссер’т Хоофт ещё в 1961 г. на третьей Ассамблее ВСЦ в Нью-Дели объявил о своей грядущей отставке в 1966 г. В мемуарах В.А. Виссер’т Хоофт пишет, что уже в 1920–1930 гг. неоднократно встречался с православными иерархами и богословами: архиепископом Германом (Константинопольский патриархат), епископом Новосадским Иринеем (Сербская православная церковь), профессором протопресвитером Стефаном Цанковым (Болгарская православная церковь), профессором Гамилькаром Спиридоном Аливизатосом (Элладская православная церковь) и др. Борьба В.А. Виссер’та Хоофта против нацизма во время Второй мировой войны укрепила его симпатии к России. Он приложил немало усилий, чтобы рассеять предубеждения в отношении Русской православной церкви, бытовавшие в то время на Западе. В июне 1945 г., во время официального визита делегации РПЦ в Великобританию, В.А. Виссер’т Хоофт встречался и беседовал с митрополитом Крутицким Николаем (Ярушевичем). В этот период шла интенсивная подготовка к проведению в Амстердаме первой Ассамблеи ВСЦ, и В.А. Виссер’т Хоофт хотел, чтобы РПЦ приняла в ней участие. С этой целью он предложил патриарху Алексию I направить делегацию для ознакомления с деятельностью «Всемирного Совета Церквей в процессе подготовки». Это предложение было принято, однако усиливавшаяся «холодная война» помешала его осуществлению. Совещание Предстоятелей и представителей автокефальных православных церквей в Москве, проходившее в июле 1948 г. совместно с празднованием 500-летия автокефалии РПЦ, обсудило среди других и вопрос об отношении поместных православных церквей к экуменическому движению и вынесло решение воздержаться от участия в амстердамской Ассамблее ВСЦ, мотивируя это тем, что «экуменическое движение не обеспечивает дела воссоединения Церквей благодатными путями и средствами». В то же время деятельность самого В.А. Виссер’та Хоофта на Совещании была охарактеризована весьма положительно.