По инициативе В.А. Виссер’та Хоофта, ЦК ВСЦ, собравшийся в Давосе в апреле 1955 г., обратился к РПЦ с предложением об экуменической встрече. Предложение было принято, и 7–9 августа 1958 г. в Утрехте состоялась встреча делегаций ВСЦ и РПЦ, возглавлявшихся В.А. Виссер’том Хоофтом и митрополитом Николаем (Ярушевичем). Во время совместных заседаний были обсуждены четыре темы: «Русская Православная Церковь и Всемирный Совет Церквей», «Христианское единство в защите мира», «Русская Православная Церковь и социально-политические проблемы нашего времени», «Общая озабоченность Церквей религиозной свободой». В.А. Виссер’т Хоофт выступил с докладом «Всемирный Совет Церквей и мир во всём мире». Была выработана общая позиция, которая заключалась в том, что церкви должны совместно добиваться мира. Результаты встречи предопределили принятие последующего решения о вступлении РПЦ в ВСЦ. В декабре 1959 г. В.А. Виссер’т Хоофт впервые посетил Москву в составе официальной делегации ВСЦ, которая прибыла в СССР по приглашению РПЦ с целью дальнейшего сближения позиций в рамках экуменического диалога, а также для содействия вступлению РПЦ в ВСЦ. Прямые контакты и переговоры В.А. Виссер’та Хоофта с представителями РПЦ привели к пересмотру первоначального и явно недостаточного с православной точки зрения базиса ВСЦ, который на третьей Ассамблее ВСЦ в Нью-Дели (1961 г.) был расширен за счёт прибавления тринитарной формулы. Исповедание ВСЦ Пресвятой Троицы как богословское основание веры участников экуменического движения явилось одним из основных факторов, позволивших РПЦ 20 ноября 1961 г. на третьей Ассамблее ВСЦ в Нью-Дели вступить в ВСЦ. Осенью 1962 г., в период так называемого Карибского кризиса, вызвавшего опасную конфронтацию США и СССР, В.А. Виссер’т Хоофт от имени ВСЦ обратился с телеграммами к руководителям обеих держав, призвав их проявить обоюдную сдержанность и политическое благоразумие. В 1963 г., после посещения Святой Горы Афон, В.А. Виссер’т Хоофт обратился с просьбой к иерархам Элладской православной церкви поддержать перед правительством Греции ходатайство РПЦ о допуске на Афон монахов из России. В феврале 1964 г., во время своего визита в СССР, В.А. Виссер’т Хоофт участвовал в работе очередной сессии Исполнительного комитета ВСЦ, проходившей в Одессе с 10 по 14 февраля 1964 г. На сессии была принята специальная резолюция «Проблемы и возможности разоружения в настоящее время», направленная всем правительствам мира. В конце мая – начале июня 1968 г. В.А. Виссер’т Хоофт (вместе с Юджином Карлсоном Блейком, генеральным секретарём ВСЦ) представлял ВСЦ в Москве на юбилейных торжествах по случаю 50-летия восстановления патриаршества в РПЦ. В 1980 г. в связи с 80-летием В.А. Виссер’та Хоофта патриарх Пимен наградил его орденом Сергия Радонежского.