В 1514 г. повелением великого князя Василия III Ивановича (1505–1533 гг.), «советом и благословением» митрополита Варлаама Владимирская икона была поновлена и украшена. В 1533 г. её (вместе с образом святителя Николая Чудотворца «Гостунского») приносили к смертному одру великого князя Василия III. Перед Владимирской иконой в Успенском соборе молился Иоанн IV Грозный (1548–1584 гг.) накануне военных походов (Казанского в 1552 г., Полоцкого в 1563 г.), однако на поле брани брал новопрославленную Донскую икону Божьей Матери. Возвращаясь из походов, он совершал перед Владимирской иконой благодарственные молебны. В июле 1566/1567 г. икона была реставрирована ушедшим на покой митрополитом Афанасием, владевшим искусством иконописания и избранным для этого ответственного дела царем; поновлённый образ был вновь богато украшен. В мае 1572 г. Иоанн IV, спасаясь от набегов татар, уехал с семьёй, двором и казной на жительство в Великий Новгород, взяв с собой Владимирскую икону. Икону поставили в церкви великомученика Никиты на Никитине ул., где размещался Государев двор. 23 июня 1572 г. совершалось празднование Владимирской иконы с участием новгородской святыни – «Знамение», иконы Божьей Матери. После победы русского войска над татарами в конце августа Иоанн IV возвратился в Москву, а Владимирская икона, пробыв в Новгороде более двух месяцев, заняла своё место в Успенском соборе. Составляя духовное завещание (1572–1578 гг.), Иоанн IV молитвенно обращался к Владимирской иконе, которую называл «державы Руския заступление», и завещал своим детям жить так, чтобы Бог был с ними «молитвами… Богородицы... и милостию честнаго ея образа иконы Владимирская». С Владимирской иконой были тесно связаны жизнь и духовная деятельность митрополита Макария. В 1563 г. он обращался к ней в Успенском соборе с предсмертными молитвами. Царь Феодор Иоаннович поклонялся святыне и благодарил Пресвятую Богородицу за молитвенную помощь в победе над «злочестивыми германами», захватившими карельские земли, и над крымским ханом Мурат-Гиреем в 1591 г. Отступил от этой благочестивой традиции князей Рюриковичей Борис Годунов (1587–1605 гг.), который был «умолен» сесть на престол благодаря принесению к нему 21 февраля 1598 г. в Новодевичий монастырь с крестным ходом Владимирской иконы. Современник и очевидец этих событий старец Авраамий (Палицын) обличил это действо как умаление святыни, никогда ранее не приносившейся к смертному человеку. В XVI–XVII вв. древняя Владимирская икона постоянно находилась в Московском Кремле. Как главная святыня, она участвовала в избрании митрополитов и патриархов: запечатанные имена избираемых (жребии) полагались на пелену в её киот, после молебна вынимался один из жребиев, распечатывался царём, и имя избранного оглашалось народу. 20 июня 1605 г. в Москву вошёл Лжедимитрий I (1605–1606 гг.), которого патриарх Иов (1589–1605 гг.) отказался венчать на царство. По приказу самозванца патриарх был сведён с престола, перед Владимирской иконой он сложил с себя святительский сан, возложенный на него при поставлении у этого образа. 19 мая 1606 г. на Земском соборе был избран царём Василий Иоаннович Шуйский (1606–1610 гг.), сотворивший перед Владимирской иконой благодарственные молитвы. По традиции, восходящей к XVI в., у Владимирской иконы венчались на царство русские самодержцы. 28 сентября 1645 г., при венчании на царство Алексея Михайловича, государь входил в храм, ему пели многолетие, затем совершали молебен перед Владимирской иконой. Перед самым помазанием царь припадал к иконе и в молитве испрашивал силы для принятия царского сана. 25 июня 1682 г., в день венчания царевичей-соправителей Иоанна и Петра, совершалось аналогичное празднование Владимирской иконы, названной в летописи «Одигитрия Владимирская». В 1163–1164 гг., через несколько лет после перенесения Владимирской иконы из Вышгорода во Владимир, когда был построен Успенский собор и освящена церковь Богородицы на Золотых воротах во Владимире было составлено сказание «О чюдесех Пресвятыя Богородица Володимирьскои иконы» (упоминаемые в рассказах лица и все подробности повествования отвечают реалиям 1155 г. и начала 1160 гг.). Исследователи XIX–XX вв. (И.Е. Забелин, В.С. Иконников, А.Н. Насонов) полагали, что сказание было создано по инициативе князя Андрея Боголюбского. Н.Н. Воронин его составителями считал священников владимирского Успенского собора Лазаря, Нестора и Микулу, пришедших с князем Андреем из Вышгорода. По мнению В.А. Кучкина, автором был, вероятно, Нестор, а Лазарь – «подробным информатором». Сказание состоит из десяти чудес, совершившихся благодаря молитвенному обращению к Владимирской иконе. Первое чудо было явлено на пути князя Андрея из Киевской Руси в Залесскую землю, на р. Вазузе. Проводник, искавший брод, начал тонуть, но по молитве князя перед иконой вышел на берег. Второе (спасение беременной жены попа Микулы от взбесившегося коня) произошло на Рогожских полях. Третье совершилось в Успенском соборе Владимира, когда при обращении к иконе сухорукого человека сама Пресвятая Богородица взяла его больную руку и продержала до окончания литургии, после чего больной сразу же выздоровел (свидетелями чуда были князь Андрей, поп Нестор).