О народном волнении было доложено Святейшему Синоду и министру внутренних дел Виктору Павловичу Кочубею (1768–1834 гг.). Тобольский архиепископ Антоний предписал игумену Троицкого монастыря внести в церковь образ и не чинить препятствий к почитанию святого. В XIX в. его почитание в Сибири ширилось. В Енисейске, Туруханске, Красноярске были распространены иконы святого, среди населения Енисейского Севера бытовали «большие деревянные складни, некоторые в металлических ризах, с изображениями Василия Мангазейского». Как небесный покровитель охотников и звероловов он почитался среди коренных жителей Енисейского Севера. На месте Мангазеи, в часовне, где до 1670 г. почивали его мощи, юраки и тунгусы оставляли звериные шкуры в дар святому, а во время выходов из тайги к Енисею посещали Туруханский монастырь. В 1893 г. местное епархиальное начальство вновь возбудило ходатайство перед Синодом о подтверждении канонизации святого, в ответ Синод предписал завести книгу для записи чудес, происходящих от мощей Василия Мангазейского. В начале XX в. его имя было внесено в официальный «Православный календарь», изданный при Святейшем Синоде. В 1921 г. Туруханский монастырь был закрыт, незадолго до этого Василий Мангазейский, по преданию, явился во сне одному благочестивому эвенку и повелел скрыть свои мощи в тайге. В 1997 г. возобновилась иноческая жизнь в Туруханском Свято-Троицком монастыре (раньше, в 1990 г., начали совершаться богослужения в Троицком храме, действовавшем как приходской). По благословению Красноярского и Енисейского архиепископа Антония (Черемисова) в 1997 г. было проведено освидетельствование места в Троицкой церкви, где прежде хранились мощи Василия Мангазейского, и были найдены фрагменты останков. Для обретённой святыни сделали раку, которая в настоящее время находится в монастырском храме. Имя Василия Мангазейского входит в Собор Ростово-Ярославских святых, празднование которому было установлено в 1964 г. по инициативе Ярославского и Ростовского архиепископа Никодима (Ротова), и в Собор Сибирских святых, празднование которому было установлено в 1984 г. по инициативе Омского и Тюменского епископа Максима (Крохи). В XIX в. в Сибири были распространены иконы Василия Мангазейского, где он представлен юношей лет 19, в белой рубашке, на полях изображены сцены его мученической кончины. В Филимоновском иконописном подлиннике (XVIII в.) святой назван Сибирским чудотворцем, его память и описание облика даны под 16 марта: «Подобием млад, в рубашке; нецыи пишут в двух ризах, верхняя киноварная, исподняя голубая». Также под 16 марта отмечен его юный возраст, есть написания в мученических ризах или в рубашке и в других иконописных подлинниках. Иногда он представлен молящимся на горе, над Туруханским монастырём. Известны изображения святого в киевском Князь-Владимирском соборе, в храмах Великого Новгорода, Москвы, Красноярска. В московском храме Воскресения Словущего хранится Абалакская икона Божьей Матери с предстоящими Симеоном Верхотурским, Николаем Мирликийским, Марией Египетской и Василием Мангазейским. Праведный отрок изображён также на иконе Собора Сибирских святых, написанной к первому празднованию Собора в 1984 г.