Жители Мангазеи не знали имени нового святого, в течение многих лет его называли «новоявленный чудотворец, что в Мангазейском городе выходит гробница». Мангазейский воевода И.С. Корсаков послал Сибирскому и Тобольскому архиепископу Симеону (1651–1664 гг.) списки чудес нового чудотворца. Архиепископ не позднее декабря 1653 г. отправил царю Алексею Михайловичу (1645–1676 гг.) челобитную и описание чудес с вопросом: «Для свидетельства тех Мангазейских новых чудотворцев в Мангазею ехать мне ль?» Однако в Москве эти списки сдали в архив Сибирского приказа, оставив без ответа. Тем не мене, в Мангазее ширилось почитание святого. Мангазейский охотник Г. Коротаев (по некоторым спискам, Сиротаев) 11 февраля 1653 г. после некоторых колебаний рассказал жителям Мангазеи, что во сне ему было открыто имя святого. Согласно другим редакции «Жития», святой явился дворовому человеку боярина Степана Лукьяновича Стрешнева (ум. в 1666 гг.) Ивану и назвал своё имя – Василий Фёдоров. В часовне совершались молебны святому. Пишут, что в апреле 1653 г. некий Г. Давыдов, находясь на зимовье в тайге, ослеп. Скорбя о случившемся, он «обещался на гробнице во граде новопроявленному чюдотворцу молебен отпети»; дав обещание, прозрел. Вернувшись в Мангазею, 9 мая он служил молебен над гробом святого. Священник мангазейской Троицкой церкви Димитрий вторично отправил архиепископу Симеону донесение о чудесах Василия Мангазейского, и в августе 1659 г. состоялось освидетельствование мощей святого. Оно показало, что святой был отроком «дву аршин без чети, чаять лет пятнадцати или меньши», который умер от пыток (его «положили... мучена с наруганием, всего скорчена, и глава... преклонена в углу от полуденныя страны к левому плещу»). С этого времени «священницы прихождаху, и совершаху молебныя пения... молящеся новоявленному чудотворцу». Наличие службы святому позволяет исследователям предположить, что она была составлена раньше, и что местная канонизация Василия Мангазейского совершилась в 1653 г. В Мангазею 22 марта 1670 г. приехал настоятель Туруханского монастыря иеромонах Тихон, а 24 марта (когда он молился в часовне) ему явился Василий Мангазейский, повелел переложить свои мощи в новый гроб и с крестным ходом перенести их в Туруханский монастырь, а ветхий гроб оставить в часовне. Иеромонах Тихон 2 апреля вместе со своим духовным сыном Н. Смирновым, совершив водосвятный молебен, освидетельствовал мощи святого, после чего их крестным ходом перенесли из часовни в соборную церковь, а 1 мая их перевезли в Туруханский монастырь и поставили в Троицкой церкви, справа от царских врат. Перенос мощей совпал по времени с полным запустением Мангазеи: в 1672 г. город покинули последние жители, что стало следствием закрытия в 1619 г. морского пути в Мангазею. В Москву в 1671 г. были вновь отправлены списки чудес Василия Мангазейского для подтверждения канонизации святого, но прошение, как и прежде, было оставлено без ответа. Однако в Сибири почитание Мангазейского чудотворца не ослабевало. Иван Борисович Репнин (1617–1697 гг.) в 1671–1672 гг. был воеводой Тобольска. Он прислал «по обещанию» в Туруханский монастырь шитый покров на раку с образом Василия Мангазейского, который стал наиболее ранним изображением святого.