В 1763–1766 гг. в целях пресечения распространения старообрядчества действовала созданная Тихоном Задонским в Черкасском духовном правлении особая следственная комиссия. Тихон Задонский часто проповедовал в местах проживания старообрядцев. 29 июня 1869 г. архиепископ Серафим (Аретинский) образовал епархиальный комитет Православного Миссионерского общества, во главе комитета стоял викарный Острогожский епископ. В конце XIX в. архиепископ Анастасий (Добрадин) ввёл должности епархиального и окружного миссионеров. С марта 1913 г. епархиальные миссионеры регулярно проводили пастырско-миссионерские собрания по благочиниям. Целью собраний была организация внутренней миссии в епархии, помощь духовенству в борьбе с сектантством и распространением старообрядчества. В 1786 г. епископ Тихон (Малинин) учредил при Воронежской духовной семинарии правление для наблюдения за проповедями в Благовещенском кафедральном соборе и для цензуры проповедей. В начале XIX в. из-за низкого уровня образования духовенства епископ Арсений (Москвин) разрешил проповедовать только «учёным священникам», т.е. прошедшим полный семинарский или академический курс. Продолжалась практика «чередного проповедничества» в кафедральном и уездных соборах. Семинарское правление в Воронеже и духовные правления в уездах предварительно проверяли проповеди и направляли на утверждение архиерею. В уездах была введена должность цензора проповедей. С середины 1890 гг. для обсуждения вопросов пастырской практики и церковно-общественной деятельности проводились пастырские, благочиннические, уездные и епархиальные собрания, которые созывались не реже одного раза в год. В 1816–1824 гг. в епархии действовали, по меньшей мере, два отделения Российского библиейского общества (в Острогожске и Ольховатке). 25 января 1898 г. открылся Воронежский епархиальный отдел императорского Православного Палестинского общества, размещавшийся в Митрофановом монастыре. 31 января 1901 г. был создан Церковный историко-археологический комитет, в который вошло около сотни человек (попытки учреждения предпринимались в 1886 и 1894 г.). Попечителями комитета были Воронежские архиереи. Комитет имел собственный печатный орган – ежегодник «Воронежская старина» (издавался в 1902–1916 гг.). Члены Церковного историко-археологического комитета в 1914–1916 гг. участвовали в подготовке к канонизации архиепископа Антония (Смирницкого). В январе 1885 г. при Митрофановом монастыре было учреждено братство во имя святителей Митрофана и Тихона, управлявшееся советом под председательством Острогожского епископа. При братстве работали комиссии по устройству церковноприходских и миссионерских библиотек и по организации религиозно-нравственных народных чтений. Братство поддерживало церковноприходские школы, проводило внебогослужебные собеседования и публичные народные чтения, открывало книжные склады. В начале XX в. в епархии было открыто около 1 тыс. приходских церковных и 38 благочиннических библиотек, во многих благочиниях работали библиотеки-читальни, лучшая была в слободе Бутурлиновке. В Митрофановом и Акатовом женском во имя святителя Алексия монастырях проходили религиозно-нравственные чтения.